GMLグラフの読み込み中に予期しないエラーが発生しました

Question

dolphins social networkを含むgmlファイルをダウンロードしました。

いくつかの時間前、私はAA Windows7のマシン上のPython 3.4とnetworkx 1.9を実行し、そのネットワーク上のいくつかの分析を行ったが、今はnetworkx 1.10と同じのpythonのバージョンが、で（アーチのLinuxマシン上で実行しています）、ファイルを読み込もうとしたときに問題が見つかりました。

これは、ファイルを読み取るために使用されるコードです：

import networkx as nx 
nx.read_gml("dolphins.gml") 

そして、これがエラーのスタックトレースです：

Traceback (most recent call last): 
File "<stdin>", line 1, in <module> 
File "<string>", line 2, in read_gml 
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/utils/decorators.py",line 220, in _open_file 
result = func(*new_args, **kwargs) 
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 210, in read_gml 
G = parse_gml_lines(filter_lines(path), label, destringizer) 
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 383, in parse_gml_lines 
graph = parse_graph() 
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 372, in parse_graph 
curr_token, dct = parse_kv(next(tokens)) 
File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py", line 323, in tokenize 
(line[pos:], lineno + 1, pos + 1)) 
networkx.exception.NetworkXError: cannot tokenize 'graph' at (1, 1) 

あなたは、ファイルを読み取ることができますか？誰かが同じような問題を経験しましたか？または何がエラーを生成しているか知っていますか？

ありがとうございます！

Answer 1

networkxのバージョンを1.10から1.9.1にダウングレードしました。

この回答が他の人に役立つことを願っています。

Answer 2

新しいバージョンのnetworkxでは、gmlファイルはより特定の形式に従う必要があります。 dolphins.gmlの問題は、開いている大括弧の前に改行があってはならないことです。

間違ったフォーマット：

graph 
[ 
    directed 0 
    node 
    [ 
    id 0 
    label "Beak" 
    ] 
    . 
    . 
    . 

正しいフォーマット：たとえば

graph [ 
    directed 0 
    node [ 
    id 0 
    label "Beak" 
    ] 
    . 
    . 
    . 

それがある限り、角括弧の前にあるどのように多くのスペースを気にしない、複数のとキャリッジリターンはありません。

私がやったことは、正規表現を使用して、角かっこの前の空白を取り除くことでした。次の正規表現は私のために働いた：

\s+\[ 

そしてちょうど "["で置き換えてください。ブラケットの前に少なくとも1つのスペースが必要です。

また、すべてのノードには一意のラベルが必要です。

希望しました。