vtkデータフォーマットエラー

Question

私はVTKを使って通常のグリッドに保存したデータを視覚化しようとしています（色付きの等値面を描く）。低解像度バージョンのデータで動作するvtkレガシーフォーマットでデータをダンプするコードを書きました。 ParaViewまたはVTKライブラリを使用して、期待される等値面を抽出して表示することができます。各次元で10倍に分解能を上げると（nxは約100から1000、ny、nzと同じです）、パラビューとVTKライブラリを使って書いたビューアは正しくありません。それらは、単一の「ブロブ」の代わりに、わずかに軸外のシートのセットのように見えます。私は他のテストから、データそのものが正しいことを知っています。

レガシーvtk形式のダンプコードに何か問題がありますか？私はルックアップテーブルが何をしているのか理解していませんが、低解像度のケースでうまくいくようです。

std::ofstream out(filename); 

out << "# vtk DataFile Version 3.0" << std::endl; 
out << "Signed distance/biharmonic visualizer" << std::endl; 
out << "ASCII" << std::endl; 
out << "DATASET STRUCTURED_POINTS" << std::endl; 
out << "DIMENSIONS " << nx << " " << ny << " " << nz << std::endl; 
out << "ORIGIN 0 0 0" << std::endl; 
out << "SPACING " << h << " " << h << " " << h << std::endl; 
out << "POINT_DATA " << nx*ny*nz << std::endl; 
out << "SCALARS signedDistance double" << std::endl; 
out << "LOOKUP_TABLE default" << std::endl; 
for(size_t i = 0; i < nx; ++i) 
    for(size_t j = 0; j < ny; ++j) 
    for(size_t k = 0; k < nz; ++k) 
     out << tempPhi(i,j,k) << std::endl; 
out << "SCALARS biharmonic double" << std::endl; 
out << "LOOKUP_TABLE default" << std::endl; 
for(size_t i = 0; i < nx; ++i) 
    for(size_t j = 0; j < ny; ++j) 
    for(size_t k = 0; k < nz; ++k) 
     out << biharmonic(i,j,k) << std::endl; 
out.close(); 

Answer 1

VTKファイルには、1.79769e+308という数のオカレンスがあります。実際にあなたのデータを見るには、これらを0に置き換えなければなりませんでした。これを実行してVisItのデータファイルを見たところ、ポイントデータを書き込む方法が間違っていると思います（3つのループ用にネストされています - データを3Dから1Dリストにフラット）。

あなたのVTKライターに小さなテストデータセットを書いてください。また、従来のVTKファイルを書き込むためにVisItに付属しているthisのシンプルなCコードもお勧めします。両方の方法で書かれたデータセットが正確に一致することを確認します（バージョン3を使用するのに対し、VisItWriterLib.cはバージョン2のVTKファイル形式を書き込みますが、問題はありません）。

編集：コメントで説明したように、問題はポイントデータを出力して3Dから1Dリストにフラット化するために使用されたネストされたforループの順序です。

for(size_t i = 0; i < nx; ++i) 
    for(size_t j = 0; j < ny; ++j) 
    for(size_t k = 0; k < nz; ++k) 
     out << tempPhi(i,j,k) << std::endl; 

は、実際には、すなわちデータ

for(size_t k = 0; k < nz; ++k) 
    for(size_t j = 0; j < ny; ++j) 
    for(size_t i = 0; i < nx; ++i) 
     out << tempPhi(i,j,k) << std::endl; 

を読むべきコードは、主要行ない、カラム主要な順序で書き込まなければなりません。これは、VTKファイル形式の書類が欠落している点です。