複数のファイルをbz2からgz形式に変換する

Question

平均サイズが3Gの575 bz2ファイルがあり、それらを下流のパイプラインと互換性を持たせるために.gz形式に変換する必要があります。私はおそらくbzcat a.bz2 | gzip -c >a.gzを行うことができ、単一のファイルについては

$ ll -h | head 
total 1.4T 
drwxrws---+ 1 dz33 dcistat 24K Aug 23 09:21 ./ 
drwxrws---+ 1 dz33 dcistat 446 Aug 22 11:57 ../ 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091550_1.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091550_2.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091551_1.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 2.0G Aug 22 11:38 DRR091551_2.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.9G Aug 22 11:38 DRR091552_1.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.9G Aug 22 11:38 DRR091552_2.fastq.bz2 
-rw-rw---- 1 dz33 dcistat 1.8G Aug 22 11:38 DRR091553_1.fastq.bz2 

$ ll | wc -l 
575 

が、私は完全にbashの/ linuxの内の1つのコマンドまたはループでそれらを変換する方法を疑問に思って。その後、ターミナルで

Answer 1

GNUパラレルと並列に簡単かつ高速にそれらをください：あなたはそれがどのように見えるかのような場合、--dry-runを削除

parallel --dry-run 'bzcat {} | gzip -c > {.}.gz' ::: *bz2 

をサンプル出力

bzcat a.bz2 | gzip -c > a.gz 
bzcat b.bz2 | gzip -c > b.gz 
bzcat c.bz2 | gzip -c > c.gz 

。おそらく、進歩率計を--barまたは--progressで追加してください。

Answer 2

、.BZファイルを含む1にディレクトリを変更、次のコマンドを使用します。これは、一度に各ファイル、1を処理し、.gzをファイルを与える

for f in *.bz; do bzcat "$f" | gzip -c >"${f%.*}.gz"; done 

を.bzファイルの名前。

例：DRR091550_1.fastq.bz2はDRR091550_1.fastq.gzになります。