BASHは：持っているいくつかのCSVファイル出力、私は<strong>複数のCSVファイル</strong>と出力<strong>単一のテキストファイル</strong>（summary.txtには）からの関心</strong>の<strong>エキス1行にしたい

Question

テーブルのようなテキストファイルから情報を抽出しますテーブル形式。関心のある行は、各CSVファイルのコロン（ "："）を含む唯一の行です。 。[表現型] [文字] _ [番号]そうするために

を.csvファイル、私はループの次のネストされたがあります：

#!/bin/bash 

# Working directory 
DIR_DATA=/mydirectory/mydata 

# Declare an array with all phenotypes 
declare -a CHUNK 
readarray CHUNK < /mydirectory/phenotypes.txt 

# Loop through phenotypes 
let i=0 
while ((${#CHUNK[@]} > i)); do 

    TMP=`echo ${CHUNK[i]} | tr -s " "` 

    # Copy phenotype name into output file 
    echo "$TMP" >> $DIR_DATA/summary.txt 

    # Copy line of interest (which contains the character “:”) into output file 
    for ALPHABET in a b c; do 
     for NUMBER in 1 2 3; do 
      # Copy interaction values 
      grep : $DIR_DATA/"$TMP"."$ALPHABET”_”$NUMBER”.csv >> $DIR_DATA/summary.txt 
     done 
    done 
    let i++ 
done 

出力をCSVは、すべて次の名前構造を持つファイル次のようになります。

PHENOTYPE1 
A_1 0.1 0.2 0.3 0.4 
A_2 0.5 0.6 0.7 0.8 
B_1 0.9 1.0 1.1 1.2 
B_2 1.3 1.4 1.5 1.6 
C_1 1.7 1.8 1.9 2.0 
C_2 2.1 2.2 2.3 2.4 
PHENOTYPE2 
A_1 2.5 2.6 2.7 2.8 
A_2 2.9 3.0 3.1 3.2 
B_1 3.3 3.4 3.5 3.6 
B_2 3.7 3.8 3.9 4.0 
C_1 4.1 4.2 4.3 4.4 
C_2 4.5 4.6 4.7 4.8 

しかし、所望の出力は以下の通りです：

PHENOTYPE1 A_1 0.1 0.2 0.3 0.4 
PHENOTYPE1 A_2 0.5 0.6 0.7 0.8 
PHENOTYPE1 B_1 0.9 1.0 1.1 1.2 
PHENOTYPE1 B_2 1.3 1.4 1.5 1.6 
PHENOTYPE1 C_1 1.7 1.8 1.9 2.0 
PHENOTYPE1 C_2 2.1 2.2 2.3 2.4 
PHENOTYPE2 A_1 2.5 2.6 2.7 2.8 
PHENOTYPE2 A_2 2.9 3.0 3.1 3.2 
PHENOTYPE2 B_1 3.3 3.4 3.5 3.6 
PHENOTYPE2 B_2 3.7 3.8 3.9 4.0 
PHENOTYPE2 C_1 4.1 4.2 4.3 4.4 
PHENOTYPE2 C_2 4.5 4.6 4.7 4.8 

この最後の出力構造を得るためにスクリプトを変更するにはどうすればよいですか？

Answer 1

これは

let i=0 
while ((${#CHUNK[@]} > i)); do 

TMP=`echo ${CHUNK[i]} | tr -s " "` 

# Copy line of interest (which contains the character “:”) into output file 
for ALPHABET in a b c; do 
    for NUMBER in 1 2 3; do 
     # Copy interaction values 
     echo -n "$TMP " >> $DIR_DATA/summary.txt 
     grep : $DIR_DATA/"$TMP"."$ALPHABET”_”$NUMBER”.csv >> $DIR_DATA/summary.txt 
    done 
done 
let i++ 
done 

echo -nが同じ行にテキストを置くワーク・すべきです。