私はファイルを使ってテキストをファイル自体の名前に変更するコードを書くつもりです。基本的に私はEMBOSS_001
と多くのファイルをテキストの最初の部分として持っています。 (EMBOSS_001|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121)
。これをファイルの名前に変更したいと思います。ファイル名はfp1_blast_output.csv
からfp11000_blast_output.csv
までです。ファイル内のテキスト部分のEMBOSS
部分をファイルのfp()
部分に変更したいと思います。これは私が持っているものですが、残念ながらそれは働いていません!私はで終わるしたいUltimatlyファイル内のテキストをファイル名に置換する
from glob import glob
fasta_files = glob('*output.csv')
print(fasta_files)
for fname in fasta_files:
with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output:
data = input1.read()
data = data.replace('EMBOSS_001',fname.split('._blast_output.csv')[0])
output.write(data)
です:
fp()|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121
このコードを実行するとどうなりますか? – Chris
"EMBOSS_001のファイルは、最初のテキストとしてたくさんあります(例:fp()| 296133516 | ref | YP_003640763.1 |、33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31,121) このテキストは、最初のテキストとしてEMBOSS_001を持っていませんか? – Enfenion
Chris、私は多数のファイルを持っているので、私はpubDBを使ってそれをサーバー上で実行しています。出力になるまでEMBOSSテキストの変更は保存されません。 – BrianF