jsonliteパッケージを使用して、次のJSONデータベースをRに読み込もうとしています。jsonファイルをインターネットからRに読み込む -</html>行の問題
Error in parse_con(txt, bigint_as_char) :
lexical error: invalid char in json text.
<html> <head> <title>funguild_d
(right here) ------^
明らかに、それはこれらの文字が好きではありません。これを行う
library(jsonlite)
db <- fromJSON("http://www.stbates.org/funguild_db.php", flatten=TRUE)
は、次のエラーがスローされます。ここで私は行方不明の簡単な作業はありますか？
@MrFlickは、データを処理するのには適していないという点で当然です。しかし、いつものように、そこには方法があります。ここではrvestを使用してページ全体を削り取り、最初の文字列を取り除くためにgsubを取得します。これはURLの最後の部分（.php拡張子を除く）になります。
url <- "http://www.stbates.org/funguild_db.php"
library(rvest)
library(jsonlite)
js <- url %>%
read_html() %>%
html_text()
js <- jsonlite::fromJSON(gsub("funguild_db", "", js))
head(js[, 1:5])
# $oid taxon taxonomicLevel trophicMode guild
# 1 58f450f1791497fd28ebfccc Xanthomonas campestris 20 Pathotroph Plant Pathogen
# 2 58f450f1791497fd28ebfccd Xanthomonas juglandis 20 Pathotroph Plant Pathogen
# 3 58f450f1791497fd28ebfcce Xanthoparmelia 13 Symbiotroph Lichenized
# 4 58f450f1791497fd28ebfccf Xanthopeltis 13 Symbiotroph Lichenized
# 5 58f450f1791497fd28ebfcd0 Xanthopsora 13 Symbiotroph Lichenized
# 6 58f450f1791497fd28ebfcd1 Xanthopsorella 13 Symbiotroph Lichenized
これは適切なJSONファイルではありません。 JSONのようなデータを含むHTMLファイルです。私は誰かがこのようにデータをサーバー化する理由を知らないので、間違いのようです。 – MrFlick
@MrFlick wow。大丈夫、これは今より多くの意味があります。カスタムデータベースを構築する生物学者、これは時々起こる.... – colin