list.files（）は、Rにパターンを含まないパスを無視できますか？

Question

異なるフォルダのデータをマージしたい。したがって、私はまず現在の作業ディレクトリ（list.dirs（）を使って）にすべてのマップ名を持つオブジェクトを作成します。その後、特定のファイル名（私のパターン）をすべてのマップで調べます。 問題は、ファイルにこの特定の文字列が含まれていない場合、list.files（）がエラーを返すことです。

(Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'NA': No such file or directory). 

パターンを含むことがわかっているマップのみを選択すると、コードが機能します。

誰かがlist.files（）に特定のパターンを含まないパスを無視する方法を知っていますか？

これは私のコードです：

GS.dir<- list.dirs(path = ".", recursive = TRUE) 
ligustrum <- c() 

    for (j in 1:length(GS.dir)){   
     files <- list.files(GS.dir[j], pattern = glob2rx("li*Avg.txt"), full.names = TRUE) 
     if(!is.null(files)){ 
      for (i in 1:length(files)){ 
       plot <- read.table(files[i], header = TRUE, sep = ",") 
       datum <- substr(files[i], 1, 8) 
       nummer <- substr(files[i], nchar(files[i]) - 7, nchar(files[i]) - 7) 
       plot.date <- data.frame("Date" = rep(datum, length(plot[,1])), 
             "plotnr"=rep(nummer,length(plot[,1])), 
             plot 
             ) 
       ligustrum <- rbind(ligustrum, plot.date) 
      } 
     } else { 
      ligustrum <- ligustrum 
     } 
    } 

    write.table(ligustrum, "ligustrum.txt", sep = ";", row.names = FALSE) 

Answer 1

GS.dir<- list.dirs(path = ".", recursive = TRUE)リスト"."下のすべてのファイル。 list.files()に再度電話すると、スクリプトは多くの不必要な作業を行います。たとえば、list.files("./mydir/subdir/subsubdir/file.txt")はcharacter(0)を返します。私の意見では、コードの最初の行に必要なものはすべてすでに用意されています。

GS.files <- list.dirs(path = ".", recursive = TRUE) 
files <- GS.files[grepl("li*Avg.txt", GS.files)] 

を、その後、それはdplyrまたは代わりに、ネストされたループのdata.tableで仕事を得るために、おそらく簡単です：そして、あなたは自分のregExprのことでパスのこのベクトルをサブセットすることができます。

[UPD]

require(dplyr) 

data.frame(files = list.files(recursive = T)) %>% 
     filter(grepl("li(.)*Avg.txt",files)) %>% 
     mutate(files = as.character(files)) %>% 
     group_by(files) %>% 
     mutate(datum = substr(substr(files, 
            max(gregexpr("/",files)[[1]])+1, 
            nchar(files) 
            ), 1, 8), 
       nummer = substr(files, nchar(files) - 7, nchar(files) - 7)) %>% 
     do(data.frame(datum = as.Date(.$datum, format = "%Y%m%d"), 
         nummer = as.numeric(.$nummer), 
         read.table(.$files, T))) %>% 
     arrange(datum, nummer, files) %>% 
     write.table(.,file = "ligstrum.txt", sep = ";", row.names = F)