ヘッダー行の挿入後のテキストファイル内の空白行の発生

Question

各.tsvファイルにカスタムヘッダーを挿入し、各ファイルの内容を解析して最終バリアントファイルに追加したいとします。私は1つのループでこれを達成しようとしましたが、うまくいきませんので、2つの別々のループを試しました。最初のループは各.tsvファイルにヘッダーを挿入しますが、2番目のループは挿入されたヘッダーを空の行に置き換えます。誰かがなぜこれが起こっているのか、これをどう解決するのか説明してください。おかげ

#!perl 
use strict; 
use warnings; 

my $home="/data/";              
my $tsv_directory = $home."test_all_runs/".$ARGV[0]; 
my $tsvfiles = $home."test_all_runs/".$ARGV[0]."/tsv_files.txt"; 

my @run_directory =(); @run_directory = split /\//, $tsv_directory; print "The run directory is #############".$run_directory[3]."\n"; 

my $cmd = `ls $tsv_directory/FOCUS*\.tsv > $tsvfiles`; #print "$cmd"; 
my $cmda = "ls $tsv_directory/FOCUS*\.tsv > $tsvfiles"; #print "$cmda"; 

my @tsvfiles =(); 
#this code opens the vcf_files.txt file and passes each line into an array for indidivudal manipulation 
open(TXT2, "$tsvfiles"); 
     while (<TXT2>){ 
       push (@tsvfiles, $_); 
       } 
close(TXT2); 

foreach (@tsvfiles){ 
     chop($_); 
} 
#this loop works fine 
for my $tsv_file (@tsvfiles){ 

    $tsv_file =~ m|([^/]+)-oncomine.tsv$| or die "Can't extract Sample ID"; 
    my $sample_id = $1; 
    print "The sample ID is ############## $sample_id\n"; 
    my $headerline = $run_directory[3]."/".$sample_id; 
    my $cmd9 = `sed -i '1i$headerline' $tsv_file`; print $cmd9;#local @ARGV = ($tsv_file); 
} 

my $final_variants = $home."test_all_runs/".$ARGV[0]."/final_variant_file.txt"; 
open my $out_fh, '>', $final_variants or die qq{Unable to open "$final_variants" for output: $!}; 

my @tsv_files_new = glob $tsv_directory."/FOCUS*.tsv"; 

##this loop unintentionally replaces the newly inserted header with a blank line. 
for my $tsv_file_new (@tsv_files_new) { 

    print "The current VCF is ############# $tsv_file_new\n"; 

    $tsv_file_new =~ m|([^/]+)-oncomine.tsv$| or die "Can't extract Sample ID"; 
    my $sample_id = $1; 
    print "The sample ID is ############## $sample_id\n"; 

    open my $in_fh, '<', $tsv_file_new 
      or die qq{Unable to open "$tsv_file_new" for input: $!}; 

    while (<$in_fh>) { 

     next if /^#/; 
     next if /\b(?:CNV|intronic|synonymous|utr_3|utr_5)\b/; 
     next if /\b(?:FORMAT.1.FSRF)\b/;# remove the original headers from Ion Reporter. 

     my @fields = split; 
     next if ($fields[70] =~ m|([0.])/\1|); 
     my $chr = $fields[9]."check"; 

     my @wanted = (10, 21, 67, 68, 70, 77, 78, 81, 83, 84, 88, 92, 98, 100); 
     my $current_line = join "\t", @fields[@wanted]; 
     my $current_final_line = $sample_id."\t".$chr."\t".$current_line; 
     print $out_fh $current_final_line, "\n"; 
    } 
} 
exit; 

Answer 1

これを試してみてください：Perlで

use strict; 
use warnings; 
use Tie::File; 

my $tsv_file = 'test.txt'; 

tie my @textFile, 'Tie::File', $tsv_file, recsep => "\n" or die $!; 
for my $line (@textFile) { 
    $line = "New Sample\n" if($line =~ /FORMAT\.1\.FSRF/); 
} 
untie @textFile; 

Answer 2

を、あなたがしたい場合は、BBBので

$string =~ s/AAA/BBB/; 

でAAAを置き換えることができますしてみてください、その後

#replace lines containing "FORMAT.1.FSRF" with "New Sample" 

：

$string =~ s/FORMAT\.1\.FSRF/New Sample/g; 

各行に1回だけ交換する場合は、最後のgを削除してください。