Question

私はPythonで新しく、文字列を一致させる関数を作成しようとしています。

N="TAG" 
K="L" 
D="E" 

g4 = 'NKXD' 
protein = 'MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAGKKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAVLLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVWTLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDRPVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDSEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSALLQVIFSPLEEEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRVQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS' 

機能 - 私がこれまで行ってきた：

def g4_match(g4,protein): 
    N = "NTAG" 
    K = "KLQ" 
    D = "DE" 
    spl_mismatch, mismatch = (0,0) 
    for x,y in zip(g4,protein): 
    if not (x == 'X' or y == x): 
     if(x == 'T' and y in N): 
     spl_mismatch+=1 
     elif(x == 'L' and y in K): 
     spl_mismatch+=1 
     elif(x == 'E' and y in D): 
     spl_mismatch+=1 
     else: 
     mismatch+=1 
    if mismatch > 0 or spl_mismatch > 2: 
     return False 
    return True 

print g4_match(g4,protein) 

XはNがない場合はT、A、Gの確認やKが続いていないかどうかを確認私たちが望む、何もすることができますLの場合、またはDがEの場合はチェックしないでください。

N == N、T、A、G、K == K、Q、D == D、Eの場合はNこの場合、不一致はありません。私は2つの特殊な文字の不一致のデータだけを必要とするか、NKXD Xのような不一致はありません。

例

TLKDは、ここでTおよびLは、特別なミスマッチであるとALRDここでA及びLは、特別なミスマッチとTKJEある - ここでTおよびEは特別なミスマッチとNKIDここで、この種のデータ特別なミスマッチです。

編集は3列目の出力

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (126, 'VYNS'), (165, 'EDSAD')) 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (127, 'YNSI'), (165, 'EDSAD')) 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (128, 'NSIG'), (165, 'EDSAD')) 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (129, 'SIGT'), (165, 'EDSAD')) 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (130, 'IGTI'), (165, 'EDSAD')) 

を取得した後、私が期待される出力を得ていないのです。 Nではないが、その後、特別な不一致がNをT or A or Gすることができ許可した場合の代わりに

1. ：私は条件以下の（のみ、この文字）あたりとしてのみ特殊な文字の不一致

   条件を求めています。

2. KならばKのところに特別な不一致はL or Qしか許されません。 Dの代わりに

3. Dが存在しない場合

   は、特別な不一致がE

注意を許可する：2つだけ条件が適用することができます時。

予想される出力

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (126, 'NKID'), (165, 'EDSAD')) - Here no mismatch, 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (127, 'TQSD'), (165, 'EDSAD'))- here T, Q is the special mismatch 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (128, 'ALDD'), (165, 'EDSAD')) - here A, L is special mismatch 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (129, 'NQGE'), (165, 'EDSAD')) - here Q, E is the special mismatch 

((44, 'GLYRTGK'), (86, 'KKPG'), (130, 'GLYD'), (165, 'EDSAD')) - here G, L is the special mismatch 

私が期待される出力

Answer 1

の上にそのような出力を必要とするコードを編集：私はあなたの条件、次の試してみました。 'NKSD'、 'TLSD'、または 'NQIE'のようにタンパク質を設定すると、出力はTrueになります。 'HKSD'や 'TQIE'のようにタンパク質を設定すると、出力はFalseになります。

def g4_match(g4,protein): 

    spl_mismatch, mismatch = (0,0) 

    for x,y in zip(g4,protein): 

     if (x == 'N'): 
      if (y == 'N'): 
       pass 
      elif (y != 'N' and y in 'TAG'): 
       spl_mismatch+=1 
      else: 
       mismatch+=1 

     if (x == 'K'): 
      if (y == 'K'): 
       pass 
      elif (y != 'K' and y in 'LQ'): 
       spl_mismatch+=1 
      else: 
       mismatch+=1 

     if (x == 'X'): 
      pass 

     if (x == 'D'): 
      if (y == 'D'): 
       pass 
      elif (y == 'E'): 
       spl_mismatch+=1 
      else: 
       mismatch+=1 

    if mismatch > 0 or spl_mismatch > 2: 
     return False 

    return True