2017-02-15 19 views
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私はコーディングとRには新しいです。現在はパッケージrelsurvで作業しています。このために、特定の時点での相対生存率を計算したいと思います。Rの追加番号relsurv

私は5年でRSを評価するために、次を使用しています:

rcurve2 <- rs.surv(Surv(time_days17/365.241,event_17)~1+ 
    ratetable(age = age_diagnosis*365.241, sex = sex, 
    year = year_diagnosis_days), data = survdata, ratetable = swepop, 
    method="ederer1",conf.int=0.95,type="kaplan-meier", 
    add.times = 5*365.241) 

summary(rcurve2) 

はしかし、私は(関係なく、私はすべてのイベント/ cenasoringポイントのadd.timesすなわち後に入れたものを数の私の要約出力に同じ結果を得ます下記を参照してください)

time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 
0.205 177  1 0.9944 0.00562  0.9834  1.005 
0.627 176  1 0.9888 0.00792  0.9734  1.004 
0.742 175  1 0.9831 0.00968  0.9644  1.002 
0.827 174  1 0.9775 0.01114  0.9559  1.000 
0.849 173  1 0.9718 0.01242  0.9478  0.996 
0.947 172  1 0.9662 0.01356  0.9400  0.993 
...cont. 

私は明らかに正しくなっていません!あなたの助けに感謝しますか?

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これは完全に再現可能な例を持つのに役立ちます。 1つを含むように編集してください! – BenBarnes

答えて

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非常に良い質問! add.timesを使用して「架空」の時間を追加する場合

は、彼らが自動的に検閲し、文句を言わない要約()機能が表示されます。追加した回数を確認するには = TRUE検閲を設定します。

summary(rcurve2, censored = TRUE) 

あなたは今、以下のリストに追加した時間を見つける必要があります。

>summary(rcurve2) 
[...] 
    973 200  1 0.792 0.03081  0.734  0.855 
    994 199  1 0.790 0.03103  0.732  0.854 
1002 198  1 0.783 0.03183  0.723  0.848 
[...] 

しかし要約を使用して(:概要(rcurve2)を使用する場合、時間1000は文句を言わない表示relsurvパッケージとデータ

data(slopop) 
data(rdata) 

#note the last argument add.times=1000 
rcurve2 <- rs.surv(Surv(time,cens)~sex+ratetable(age=age*365.241, sex=sex, 
     year=year), ratetable=slopop, data=rdata, add.times = 1000) 

に建て使用して

rcurve2、censored = TRUE)それは!

>summary(rcurve2, censored=TRUE) 
[...] 
    973 200  1 0.792 0.03081  0.734  0.855 
    994 199  1 0.790 0.03103  0.732  0.854 
1000 198  0 0.791 0.03106  0.732  0.854 
1002 198  1 0.783 0.03183  0.723  0.848 
[...] 
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ニース。私は 'method = 'ederer2'でもそれが動作しないことに気づいた。 – wjchulme