ソーススクリプトで開いたウィンドウからのプロットをRmarkdownに含めるにはどうすればよいですか？

Question

私はRStudioでRmarkdownを使用しており、新しいグラフィックスウィンドウで開いたプロットも含めています。ウィンドウがコードチャンク内で直接開かれている場合は、というプロットは、処理された文書に含まれるです。しかし、ウインドウがソースとなる別のスクリプトで開かれている場合、プロットはKnitrの処理中に表示されますが、ではなく、がドキュメントに含まれています。ここで実証する.Rmdスクリプトの完全な最小限の例です。

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title: "Rmarkdown graph inclusion" 
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# Make a simple plot: 

```{r} 
plot(0,0,main="Attempt 1") 
``` 

Result of above: Plot is displayed during processing and is included in generated document. 


# Make the plot in a separate graphics window: 

```{r} 
windows() # open new graphics window; x11() on Linux, MacOS 
plot(0,0,main="Attempt 2") 
``` 

Result of above: Plot is displayed during processing and is included in generated document. 

# Make the plot in a separate graphics window called from another script: 

```{r} 
writeLines("windows() ; plot(0,0,main='From File')" , 
      con="openWindowScript.R") 
source("openWindowScript.R") 
``` 

Result of above: Plot **is** displayed during Knitr processing but is **NOT** included in the generated document. *Why not?* 

私は、検索stackoverflowの他の場所の答えのためにやったが、1つを見つけることができませんでした。事前にお答えいただきありがとうございます。

Answer 1

sourceコールの後にdev.print()を追加すると、現在のデバイス（あなたの場合は）がsourceによって呼び出されたものでなければなりません。これはknitによってキャプチャされ、ドキュメントに含まれます。だから、チャンクは次のようになります。

```{r} 
writeLines("windows() ; plot(0,0,main='From File')" , 
      con="openWindowScript.R") 
source("openWindowScript.R") 

dev.print() 
``` 

私はデバイスをオープンし、それを印刷の両方のためにX11を使用しますが、ドキュメントはそれとして（Windows上で同じように動作する必要があることを意味すると思わLinuxでは、上でこれをテストしましたWindows固有のバージョンdev.printが正しくインストールされている限り、デフォルトでインストールされます）。

対話的に（迷惑でもクラッシュを引き起こしても）実行されたときにdev.printが問題を引き起こしている場合は、ニット文書の外側で実行されないようにニット文書の名前をチェックすることができます。対話式に実行するとNULLを返しますので、編み込み以外の実行をブロックするにはifの条件として使用できます。このエラーについてのコメントの例を使用

、コードチャンクは、次のようになる。

```{r echo=1:2} 
writeLines("windows() ; plot(0,0,main='Ta-Da!')" , 
      con="theScript.R") 
source("theScript.R") 

if(!is.null(knitr::current_input())){ 
    deviceInfo <- dev.print() 
} 
``` 

別のアプローチは、過剰書き込みwindows()（及び/又はx11）の動作をすることです。あなたのRMD文書の上部には、windowsまたはx11への呼び出しのすべてをキャッチし、基本的に（...は、あなたが「未使用の引数」エラーが出ないことを保証します）それらを無視すべきではどの

x11 <- windows <- function(...){invisible(NULL)} 

を追加します。これらの呼び出しを使用してサイズやアスペクト比を設定する場合は、代わりにfig.widthまたはfig.heightを使用する必要があります。これは、実際にが他のものを壊す可能性があります。 x11/windowsの動作はgrDevices::x11（またはそれに類するものはwindows）を使用すると正しい機能が得られます。あなたがピンチで、最初にwindowsを使用した理由を忘れてしまった場合、これはうまくいくはずです。

Answer 2

コードには2つの異なる問題があります。 1つはopenWindowScript.Rのコードで、もう1つはこのファイルがメイン文書にどのように含まれているかです。直接チャンクコードとして使用される場合openWindowScript.Rで

コードも可視プロットを生成しない。

```{r} 
windows(); plot(0,0,main='From File') 
``` 

私は、これは（例えば上述のトップレベルの表現と他のコードとの間の差に起因していると思うhere ）しかし、私は詳細については分かりません。は、目に見えるプロットを何作るん次のコードです：私たちは、ドキュメントに含めることができるか、

```{r} 
windows() 
plot(0,0,main='From File') 
``` 

ので、外部ファイルにこのコードの？ source外部ファイルを作成している可能性があります。おそらく、プロットコマンドが再びトップレベルの式ではないからです。マーク・ピーターソンはすでにnice workaroundを提供しますが、私はもっとknitr -idiomaticソリューションを提案したいと思います：code optionを使用して、チャンクにコードを挿入：

```{r} 
writeLines("windows() \n plot(0,0,main='From File')" , 
      con="openWindowScript.R") 
``` 

```{r, code = readLines("openWindowScript.R")} 
```