shuffleSetを使用して制限付き置換（permute）が失敗し、shuffleを使用して実行します。

Question

私はvegan-packageを使用してPRCを行っていますが、結果にAnovaを実行しようとすると問題になります。

Error in doShuffleSet(spln[[i]], nset = nset, control) : 
    number of items to replace is not a multiple of replacement length 

この問題は、permute-packageのshuffleSet-functionに起因しています。私は以下の再現可能な例を作りました。奇妙なことは、シャッフル機能は問題を引き起こさないが、シャッフルセット機能は問題ではないということです。

私の実験では、3匹の処置を4匹の動物に与えた。動物は異なる順序で治療を受けた。毎日、5つのサンプルを経時的に収集した。

私は動物の中で私の観察を並べ替えたいと思います。したがって、私はブロックとしてAnimalIDを使用します。

私は実際の実験で何回も同じ治療を受けた動物の日を置き換えますが、1日以内に測定をそのままにしておきたいと思います。それゆえ、私はDaysを自由に並べ替えることを選択し、Daysの中に順列を持たないようにしました。

require(permute)  
TreatmentLevels=3 
Animals=4 
TimeSteps=5 
AnimalID=rep(letters[1:Animals],each=TreatmentLevels*TimeSteps) 
Time=rep(1:TimeSteps,Animals=TreatmentLevels) 
#treatments were given in different order per animal. 
Day=rep(c(1,2,3,2,3,1,3,2,1,2,3,1),each=TimeSteps) 
Treatment=rep(rep(LETTERS[1:TreatmentLevels],each=TimeSteps),Animals) 
dataset=as.data.frame(cbind(AnimalID,Treatment,Day,Time)) 

ctrl=how(blocks = dataset$AnimalID,plots = Plots(strata=dataset$Day,type = "free"), 
      within=Within(type="none"), nperm = 999) 

#this works 
shuffle(60,control=ctrl) 
#this giveas an error 
shuffleSet(60,nset=1,control=ctrl) 
shuffleSet(60,nset=10,control=ctrl) 

問題はブロック内にあるようです。これは

dataset$AnimalDay=factor(paste0(dataset$AnimalID,dataset$Day)) 
ctrl=how(plots = Plots(strata=dataset$AnimalDay,type = "free"), 
      within=Within(type="none"), nperm = 999) 

#this works 
shuffle(60,control=ctrl) 
shuffleSet(60,nset=1,control=ctrl) 
shuffleSet(60,nset=10,control=ctrl) 

Answer 1

を動作するため重要な問題は、nset = 1のようだ：順列が生成され、shuffleSet作品が、結果を印刷することは、1つのセットは、ベクトルに落とされているため失敗し、printが行列を期待しています。あなたは順列を得ることができます、あなたは順列を使用することができますが、あなたはprintすることはできません。

これを修正する必要があります。