NetworkXからの階層出力を保証する手段はありますか？

Question

私はツリー構造のフロー図を作成しようとしています。私はnetworkxで代表的なグラフを作成することができましたが、プロットを出力するときにツリー構造を表示する方法が必要です。私はグラフをプロットするためにmatplotlib.pylabを使用しています。

データは、hereのような構造で表示する必要があります。私はサブグラフを持っていませんが。

どうすればそのような構造を保証できますか？不信者のための

例：

私はpylabとgraphvizのとグラフを表示することができましたが、どちらもオファーがツリー構造私が探しています。私はxが提供しなければならないすべてのレイアウトネットワークを試しましたが、それらのどれも階層を示していません。私はちょうど私がウエイトを使用する必要がある場合オプション/モードまたはを与えるにはわからない。どんな提案も束に役立ちます。

@jterrace：

ここで私は上記のプロットを生成するために使用するものの大まかな概要です。いくつかのラベルを追加しましたが、それ以外は同じです。

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 
G = nx.Graph() 

G.add_node("ROOT") 

for i in xrange(5): 
    G.add_node("Child_%i" % i) 
    G.add_node("Grandchild_%i" % i) 
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i) 

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i) 
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i) 
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i) 

plt.title("draw_networkx") 
nx.draw_networkx(G) 

plt.show() 

Answer 1

有向グラフを使用している場合、Graphvizのドットレイアウトはツリーのように機能します。ここでいくつかのコードは、ここで

を更新し

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 
G = nx.DiGraph() 

G.add_node("ROOT") 

for i in xrange(5): 
    G.add_node("Child_%i" % i) 
    G.add_node("Grandchild_%i" % i) 
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i) 

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i) 
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i) 
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i) 

# write dot file to use with graphviz 
# run "dot -Tpng test.dot >test.png" 
nx.write_dot(G,'test.dot') 

# same layout using matplotlib with no labels 
plt.title('draw_networkx') 
pos=nx.graphviz_layout(G, prog='dot') 
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False) 
plt.savefig('nx_test.png') 

をnetworkx-2.0の更新されたバージョンであることを行う方法を示し、上記の解決策に類似している（とこれからのnetworkx-2.1も矢を描く）。

import networkx as nx 
from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot, graphviz_layout 
import matplotlib.pyplot as plt 
G = nx.DiGraph() 

G.add_node("ROOT") 

for i in range(5): 
    G.add_node("Child_%i" % i) 
    G.add_node("Grandchild_%i" % i) 
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i) 

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i) 
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i) 
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i) 

# write dot file to use with graphviz 
# run "dot -Tpng test.dot >test.png" 
write_dot(G,'test.dot') 

# same layout using matplotlib with no labels 
plt.title('draw_networkx') 
pos =graphviz_layout(G, prog='dot') 
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=True) 
plt.savefig('nx_test.png') 

Answer 2

あなたが近づくためにpygraphvizを使用することができます。

>>> import pygraphviz 
>>> import networkx 
>>> import networkx as nx 
>>> G = nx.Graph() 
>>> G.add_node("ROOT") 
>>> for i in xrange(5): 
...  G.add_node("Child_%i" % i) 
...  G.add_node("Grandchild_%i" % i) 
...  G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i) 
...  G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i) 
...  G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i) 
...  G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i) 

>>> A = nx.to_agraph(G) 
>>> A.layout('dot', args='-Nfontsize=10 -Nwidth=".2" -Nheight=".2" -Nmargin=0 -Gfontsize=8') 
>>> A.draw('test.png') 

結果：私はあなたが上記の投稿のリンクからgraphvizのオプションをコピーし

注意。私はなぜ4番目の子供が厳密に垂直なフォーマットの代わりに上に描かれているのか分かりません。おそらく、Graphvizのオプションについてもっと知っている人がそれを助けることができます。