MPIがルートプロセスでアレイを集める

Question

私はMPIを初めて使いました。私は4つのプロセスを持っています：プロセス1から3はベクトルを生成してプロセス0に送り、プロセス0はベクトルを1つの非常に長いベクトルにまとめます。私は動作するコードがありますが（投稿するには時間がかかります）、プロセス0のrecv操作は不器用で非常に遅いです。抽象的で

、コードは以下のない：

MPI::Init(); 
int id = MPI::COMM_WORLD.Get_rank(); 

if(id>0) { 
    double* my_array = new double[n*m]; //n,m are int 
    Populate(my_array, id); 
    MPI::COMM_WORLD.Send(my_array,n*m,MPI::DOUBLE,0,50); 
} 

if(id==0) { 
    double* all_arrays = new double[3*n*m]; 
    /* Slow Code Starts Here */ 
    double startcomm = MPI::Wtime(); 
    for (int i=1; i<=3; i++) { 
    MPI::COMM_WORLD.Recv(&all_arrays[(i-1)*m*n],n*m,MPI::DOUBLE,i,50); 
    } 
    double endcomm = MPI::Wtime(); 
    //Process 0 has more operations... 
} 
MPI::Finalize(); 

これは総時間の50％を占めendcomm - startcomm（0.7秒を完了するためのプログラムのための1.5秒と比較して）ことが分かります。

プロセス1からのベクターを受信し、プロセス0のall_arraysに保存する方が良いでしょうか？

私はMPI :: Comm :: Gatherをチェックアウトしましたが、使い方がわかりません。特に、プロセス1の配列がall_arraysの最初の配列、プロセス2の配列が2番目の配列などであることを指定できますか？ありがとう。

編集

：は、私が「遅い」ループを削除し、代わりの間で次のように置くブロック「場合」：

MPI_Gather(my_array,n*m,MPI_DOUBLE, 
    &all_arrays[(id-1)*m*n],n*m,MPI_DOUBLE,0,MPI_COMM_WORLD); 

同じパフォーマンスの低下が生じました。これは、ルートプロセスが個々の受信が完了するのを「待機」してから次の受信を試みるという事実と関係していますか？それともそれについて考えるのは正しい方法ではありませんか？

Answer 1

はい、MPI_Gatherと同じです。 MPI_Gather用ANLページから：ここで

int MPI_Gather(void *sendbuf, int sendcnt, MPI_Datatype sendtype, 
       void *recvbuf, int recvcnt, MPI_Datatype recvtype, 
       int root, MPI_Comm comm) 

、sendbufは、各プロセス（my_array）上のあなたの配列です。 recvbufは、短い配列が集まる受信プロセス上の長い配列（all_arrays）です。受信プロセスの短い配列は、長い配列の連続した位置にコピーされているので、自分で処理することについて心配する必要はありません。各プロセスからの配列は、長い配列で連続して配列されます。

EDIT：

受信プロセスが集いでsendbuf寄与しない場合には

、あなたは（これを指摘するために@HristoIlievのおかげで）代わりにMPI_Gathervを使用することもできます。