2011-07-21 22 views
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mac os xでmyrnaツールをダウンロードしようとしています。インストールの手順のいずれかの 、「(myrna_emrを含む)抽出したディレクトリを指すようにMYRNA_HOME環境変数を設定し、」Mac OS Xで環境変数を設定する方法

だから私は

は「輸出MYRNA_HOME =/... /エコーこの方法を試してみました。.. .. >>/~bashrc

しかし、これはうまくいきません(私がコマンドラインでMYRNA_HOMEをエコーすると、printenvと入力すると何もORが出ませんMYRNA_HOMEが出てこない)。

Env Varsを設定する方法を知っている人は誰ですか?

ありがとう、

答えて

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これを行うにはいくつかの方法があります。 1つは~/.bash_profileファイルに変数を追加することです。

例:それは再度ログインして端末に試みることによって動作するかどう

MYRNA_HOME=/whatever/you/want/ 
export MYRNA_HOME 

次にあなたが試すことができます:

$ echo $MYRNA_HOME 

それはあなたが~/.bash_profile上にMRYNA_HOMEを設定するものは何でも印刷する必要があります。

すべてのユーザーが環境変数を使用できるようにする場合は、/etc/bashrcファイルを変更できます。しかし、私はただ一つのユーザーの環境を変えることを好むだろう。

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ありがとうplabo!それは働く - btw、同様にこれを見てください。私はすでにR 2.13を持っていますが、myrnaはどこにいるのか分からないようです。だから私はRディレクトリのMYRNA_RHOMEでenv varを再度設定する必要があります。それは同じ方法でなければなりません。右?それは動作しません。 – nana

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これを参照してください:MyrnaをHadoopクラスタまたはローカルコンピュータで実行するには、Myrnaが必要とするすべてのパッケージとともにR 2.10とBioconductorをインストールする必要があります。 R v2.10、Bioconductor、およびMyrnaがインストールされている場所を見つけることができない適切なパッケージがあれば、MYRNA_RHOME環境変数を適切なRホームディレクトリ、つまりbin/Rとbin /正しいインストールのためのRscript実行ファイル。 FASTQダンプをインストールしていない: をインストールしていない – nana

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はR、とのエラーメッセージ、私は--test myrna_local実行すると、$ MYRNA_RHOME /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.13/Resources/bin/ – nana

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