短い答え:ユーザーがEPUBファイル自体にアクセスできる場合、EPUBファイルに埋め込まれたリソースを100% "保護"する方法はありません。
長い回答:これらのEPUBファイルを使用するための読書アプリケーションを作成していないため、ユーザーが実際のEPUBファイルに「到達」しないようにすることができない場合は、100%安全な方法でユーザがEPUBファイルからリソース(あなたの場合はビデオ)を抽出することを禁止します。
伝統的に、EPUBファイル自体の「オーバーシェアリング」や一部のアセット(画像、オーディオ、ビデオ)の「不正な抽出」を防ぐために、DRMまたは購入時の透かしの2つの主な技術が使用されます。 DRM(つまり、Adobe DRM)を適用する場合は、クリックするだけで削除するプログラムがあります。ユーザーごとの透かし入れのルートは動画では難しいようですが、透かしプロバイダにはEPUBファイルに埋め込まれた動画の中に隠れたユーザー情報を挿入するツールはありません。
もう1つの可能性は、ビデオをEPUBファイル内に埋め込まず、そのビデオにリンクするか、または「リモートリソース」として宣言することです(http://www.idpf.org/epub/301/spec/epub-publications.html#sec-resource-locationsを参照)。しかし、これも悪意のあるユーザーがEPUBファイルで指定する必要があるURLからビデオをダウンロードすることを妨げるものではありません。
おそらく、最善の解決策は、ビデオの一角にいくつかの情報(「(c)Name_of_the_author、2016」など)を表示することです。再び、非常に決定的な海賊はそのテキストを切り捨てるかもしれませんが、少なくとも「カジュアルオーバーシェアーズ」を落胆させます。