エラーR csv：read.tableのエラー（ファイル=ヘッダ、ヘッダ= sep、引用=引用、： 'ファイル'は文字列または接続でなければなりません）

Question

私はRチュートリアルで

私は、ファイルを完全にロードしましたが、試してみましたが、ファイルを完全にロードしましたが、Pearson()という関数を使用したいと思っています。関数Pearson()は（同じMI、IDA及びラッソで発生）、このエラーメッセージが現れた：引用=read.tableを（ファイル=ファイル、ヘッダ=ヘッダ、9月= 9月、に

エラー引用、：「ファイルが」文字列または接続

dataset=read.csv("ArabPrueba1.csv", sep = ";") 
cause= 3:23 
effect= 24:44 
pearson=Pearson(dataset,cause,effect) 

でなければならない、それが機能によって認識されるように、私は、ファイルまたはコマンドラインを変更することができる方法上の任意のアイデア？ csvファイルなどで問題が発生する可能性がありますか？チュートリアルの例では、ファイルはパッケージから直接取得されるため、この方法はカバーされていません。

は、ここでは、事前

Answer 1

ですべてのセミコロンを置き換える 「」デフォルトsepratorを使用しています私は最終的に問題を解決しました。たとえそれがきれいな解決策に見えないとしても、それは機能します。私は問題は、元のファイルをコンソールに持ってきたので、ファイルを書き直して最近作成したファイルをコンソールに再追加するように、余分なものが追加されたことだと思います。

RNA <- read.table("RNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE) 
tRNA <- t(RNA) 
write.table(tRNA, file = "tRNA_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape") 
tRNAt <- read.csv("tRNA_2.csv") 

miRNA <- read.table("miRNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE) 
tmiRNA <- t(miRNA) 
write.table(tmiRNA, file = "tmiRNAt.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape") 
tmiRNAt <- read.csv("tmiRNAt.csv") 

dataset <- cbind2(x=tmiRNAt, y = tRNAt) 
write.table(dataset, file = "dataset_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape") 

# MiRLAB: 
library(miRLAB) 
cause = 1:278 
effect = 279:length(dataset) 
ps = Pearson("dataset_2.csv", cause = cause, effect = effect) 

私はそれは非常に多くの時間を読み書きするのは良い考えではありませんが、それは実際には（すべてで働いていた）良く働いていることを知っている方法です。

ありがとうございました！

Answer 2

にありがとうござい例です。

# working: 
# create csv file with "," seprator 
write.table(x = mtcars, file = "data.csv", sep = ",", row.names = F) 
Pearson(datacsv = "data.csv", cause = 2:3, effect = 3:4) 

#   cyl  disp 
#disp 0.9020329 1.0000000 
#hp 0.8324475 0.7909486 


# not work: 
# create csv file with ";" seprator 
write.table(x = mtcars, file = "data1.csv", sep = " ; ", row.names = F, col.names = F) 
Pearson(datacsv = "data1.csv", cause = 2:3, effect = 3:4) 

インナーread.csvは自分のファイルを変更して、コンマ