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私はそれぞれのコンダ環境を持つスノーケムで2つの別々の分析パイプラインを作成しました。今私は2本のパイプラインをサブワークフローとして傘のスネークメイクを作っています。それ自身の環境で2つの他のパイプラインを使用することは可能ですか？私はドキュメントでそれを見つけることができません。また、--use-condaオプションを使用して、サブワークフローの各ルールに別々の環境を使用しないことをお勧めします。サブワークフローごとに異なる環境をスニークする
私は誰かがそれを解決するためにどのように私を助けることを願って、または私は両方のパイプラインのすべてのツールを含んだ一つの大きな環境を作成する必要があります、これは私にとって非常に効果的なようではありません。
SAMPLES=['a','b','c']
subworkflow one:
workdir:"snake_one/"
configfile:"snake_one/config.yaml"
subworkflow two:
workdir:"snake_two/"
configfile:"snake_two/config.yaml"
rule All:
input:
one(expand("../reports/{sample}-report.html",sample=SAMPLES)),
two(final.txt),
ps。私はsnakemakeフォーラムでもこの質問をしましたが、これがより良い場所だとわかりました。