パイプラインをさらに処理する前に、連結したい複数のファイルを扱っています。通常、連結する必要があるファイルのペアは1から3種類ありますが、場合によっては3つ以上のペアがあります。条件付きでスクリプトを微調整したいのですが、絶対数を使用する代わりに、条件付き(1または1以上のファイル)を渡して連結します。私が正しく質問を理解していれば、簡単なfor
ループが動作するはず複数のファイルを連結するためのbashの条件付き
if [ $no_lanes -eq "1" ]; then
fq_align_1=$lane1_pair1
fq_align_2=$lane1_pair2
fi
if [ $no_lanes -eq "2" ]; then
cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq
cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 > "$sampleID"_cat2.fq
fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq
fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq
fi
if [ $no_lanes -eq "3" ]; then
cat $lane1_pair1 $lane2_pair1 $lane3_pair1 > "$sampleID"_cat1.fq
cat $lane1_pair2 $lane2_pair2 $lane3_pair3 > "$sampleID"_cat2.fq
fq_align_1="$sampleID"_cat1.fq
fq_align_2="$sampleID"_cat2.fq
fi ....
[最小、完全、および検証可能な例](http://stackoverflow.com/help/mcve) – Inian
サンプル入力と予想される出力は何ですか? – Inian
私の入力は生のfastqデータ(DNA配列を保存するためのテキストベースのフォーマット)です。私は順方向のデータと逆方向のデータを含む1つのファイルを含む1つのファイルを持っています。時には、1つ以上のペア(F&R)があり、すべてのフォワードデータを連結し、データを一緒にリバースする必要があります。 –