以下のパターンの正規表現とのマッチング方法は？

Question

私は以下のようにうまくいくはずのスクリプトを書こうとしていますが、何とか構文を書く方法を得ることができません。

私はS_12_O_319_K4me1のようなフォルダを持っています。

各フォルダ内のコンテンツはS_12_O_319_K4me1_S12816.sorted.bamですが、

私は自分のスクリプトがループ内の同じ名前のフォルダに入り、*.bamファイルを識別して操作を実行するスクリプトを作成したいと思いましたが、正規表現を入れることができません。これは私が試したものです：

#!/bin/bash 
#$ -S /bin/bash 

spp_run=/path/phantompeakqualtools/run_spp.R 
bam_loc=/path/ChIP-Seq/output 

samples="S_12_O_319_K27me3 
S_12_O_319_K4me1 
S_12_O_319_K4me3 
S_12_O_319_K27ac" 

for s in $samples; do 

    echo "Running SPP on $s ..." 
    Rscript $spp_run -c=$bam_loc/$s/${s}_S[[0-9]+\.sorted.bam -savp -out=$bam_loc/$s/${s}".run_spp.out" 
done 

私は上記の正規表現で数字を認識することができません。

どこが間違っていますか？

編集： 私は、それが動作しません、まだ下のRscriptにパースに問題があることを試してみましたが、なぜこれが

#!/bin/bash 
#$ -S /bin/bash 

spp_run=/path/tools/phantompeakqualtools/run_spp.R 
bam_loc=/path/ChIP-Seq/output 

samples="S_12_O_319_K27me3 
S_12_O_319_K4me1 
S_12_O_319_K4me3" 

for s in $samples; do 
    echo "Running SPP on $s ..." 
    echo $bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam 
    inbam=$bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam 
    echo $inbam 
    Rscript $spp_run -c=$inbam -savp -out=$bam_loc/$s/${s}".run_spp.out" 
done 
echo "done" 

エラー

Error in parse.arguments(args) : 
    ChIP File:/path/ChIP-Seq/output/S_12_O_319_K27me3/S_12_O_319_K27me3_S*.sorted.bam does not exist 
Execution halted 

がファイルを認識しない問題になります$inbam値は/path/ChIP-Seq/output/S_12_O_319_K27me3/S_12_O_319_K27me3_S12815.sorted.bam

Answer 1

私の質問への回答が見つかりました。以下はコードです。エレガントなものではありませんが、機能します。 Rscriptはフルネームとフルパスが必要なので、エコーコマンドの出力を変数に初期化し、入力ファイルの引数としてRscriptに渡し、フルパスで完全なパスを取得するようになりました。 。

エレガントな方法ではありませんが、それでも私のために働きます。

#!/bin/bash 
#$ -S /bin/bash 

spp_run=/path/tools/phantompeakqualtools/run_spp.R 
bam_loc=/path/ChIP-Seq/output 

samples="S_12_O_319_K27me3 
S_12_O_319_K4me1 
S_12_O_319_K4me3" 

for s in $samples; do 
    echo "Running SPP on $s ..." 
    echo $bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam 
    inbam=$bam_loc/$s/${s}_S*.sorted.bam 
    echo $inbam 
    infile=`echo $inbam` 
    Rscript $spp_run -c=$infile -savp -out=$bam_loc/$s/${s}".run_spp.out" 
done 
echo "done" 

皆様におかげさまで、ご意見とご感想をお寄せいただきありがとうございます。私のコードはエレガントではありませんが、動作していますので、ここで答えを示します。

Answer 2

です。findコマンドで正規表現を使用することができます。

export spp_run=/path/phantompeakqualtools/run_spp.R 
export bam_loc=/path/ChIP-Seq/output 
export dir 

samples=(S_12_O_319_K27me3 S_12_O_319_K4me1 S_12_O_319_K4me3 S_12_O_319_K27ac) 

for dir in ${samples[@]}; do 
    find . -type f -regex ".*/*${dir}_S[0-9]+\.sorted\.bam" \ 
    -exec bash -c 'echo Rscript $spp_run -c=$bam_loc/${dir}/${1##*/} -savp -out=$bam_loc/${dir}/${dir}".run_spp.out"' _ {} \; 
done 

注：の前にechoを削除してください。