2012-06-18 3 views
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で伝説とよく間隔ユニバーサルy軸とメインタイトル:プロット私は現在の作業ディレクトリへのプロットを含む二つのPDFファイルを生成します、次のコードを持っているgrid.arrange

library(reshape) 
library(ggplot2) 
require(ggplot2) 
source("http://gridextra.googlecode.com/svn/trunk/R/arrange.r") 

data<-structure(list(Loci = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 
8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 
21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 
34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 52L, 44L, 45L, 
46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 53L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 
60L, 61L, 62L), .Label = c("Baez", "Blue", "C147", "C204", "C21", 
"C278_PT", "C294", "C316", "C485", "C487_PigTa", "C536", "Carey", 
"Cool", "Coyote", "Deadpool", "Epstein", "Glass", "Harrison", 
"Harvest", "Hazel", "i-113", "i-114", "i-120_PigT", "i-126", 
"i-127", "Imagine", "Jackstraw_", "Jericho", "Jerry-Garc", "Jude", 
"Kitty", "Majesty", "Million", "Monkey", "Mozambique", "Neil", 
"Nettie", "Piggies", "Psylocke", "Queen", "Ramble", "Sinv-25", 
"Sinv12", "Sol-11", "Sol-18", "Sol-20", "Sol-49", "Sol-6", "Sol-J1", 
"Sol-M2", "Sol-M3", "SolB8", "st_stephen", "Starr", "Sun_King", 
"Taxman", "Tombstone_", "Wallflower", "Weight", "Wigwam", "Workingman", 
"Yellow"), class = "factor"), All = c(0.3357, 0.4166, 0.0242, 
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0.0039, 0, 0.315, 1, 0, 0, 0.8931, 0.1124, 0.3804, 0.9233, 0.3355, 
0, 0.3542, 0.0363, 0.0679, 0.2652, 0.122, 0.4025, 0.8155, 2e-04, 
0.2642, 0.3629, 0, 0.2897)), .Names = c("Loci", "All", "X1_only", 
"X78_only", "X8_removed", "X8_only", "X7_removed", "X7_only", 
"X5_removed", "X5_only", "X4_removed", "X4_only", "X3_removed", 
"X3_only", "X2_removed", "X2_only", "X1_removed"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-62L)) 

#now make subsets of this big dataset 
split1_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[1:8])) 
split2_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[9:16])) 
split3_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[17:24])) 
split4_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[25:32])) 
split5_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[33:40])) 
split6_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[41:48])) 
split7_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[49:56])) 
split8_data<-droplevels(subset(data,data$Loci %in% data$Loci[57:62])) 

#and melt each of them 
split1_datam<-melt(split1_data,id="Loci") 
split2_datam<-melt(split2_data,id="Loci") 
split3_datam<-melt(split3_data,id="Loci") 
split4_datam<-melt(split4_data,id="Loci") 
split5_datam<-melt(split5_data,id="Loci") 
split6_datam<-melt(split6_data,id="Loci") 
split7_datam<-melt(split7_data,id="Loci") 
split8_datam<-melt(split8_data,id="Loci") 


#and make a plot for each of the melted subsets 
p1<- ggplot(split1_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15))+ geom_bar(position="dodge")+ geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position="none",axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL) 

p2<- ggplot(split2_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ scale_fill_grey() + ylab(NULL) 

p3<-p <- ggplot(split3_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p3<-p3 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL) 

p4<-p <- ggplot(split4_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p4<-p4 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+opts(legend.position="none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL) 


p5<-p <- ggplot(split5_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p5<-p5 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05)+ opts(legend.position = "none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8))+ scale_y_discrete(breaks=seq(0,1)) + ylab(NULL) 


p6<-p <- ggplot(split6_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p6<-p6 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ opts(legend.position = "none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL) 

p7<-p <- ggplot(split7_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p7<-p7 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+ opts(legend.position = "none", axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL) 

p8<-p <- ggplot(split8_datam, aes(x =Loci, y = value, color = variable, width=.15)) 
p8<-p8 + geom_bar(position="dodge") + geom_hline(yintercept=0.05) + scale_y_discrete(breaks=seq(0,1))+opts(legend.position="none",axis.text.x = theme_text(angle=90, size=8)) + ylab(NULL) 

#make a bad attempt at creating a legend for the entire multiplot? 
leg <- ggplotGrob(p1 + opts(keep="legend_box")) 
## one needs to provide the legend with a well-defined width 
legend=gTree(children=gList(leg), cl="legendGrob") 
widthDetails.legendGrob <- function(x) unit(2, "cm") 

#plot the first four plots together 
pdf("sensivitity_page_2_plots.pdf") 
grid.arrange(p1, p2, p3, p4, nrow=2, legend=legend, main ="Sensitivity", left = "Pvalue") 
dev.off() 

#same with the next four 
pdf("sensivitity_page_2_plots.pdf") 

leg <- ggplotGrob(p5 + opts(keep="legend_box")) 
## one needs to provide the legend with a well-defined width 
legend=gTree(children=gList(leg), cl="legendGrob") 
widthDetails.legendGrob <- function(x) unit(2, "cm") 

grid.arrange(p5, p6, p7, p8, nrow=2, legend=legend, main ="Sensitivity", left = "Pvalue") 
dev.off() 

プロットう次のようになります。 enter image description here

私は、次の質問があります。

  1. それはどのようにエッジに近いではありませんように、Iスペースy軸ラベルを付けることができましたか?
  2. メインタイトルで同じ操作を行うにはどうすればいいですか?
  3. 凡例が表示されないのはなぜですか? (コードのその部分がグリッドから外されました。アレンジドキュメント)。そして、それができたら、どうやってそれを正しく配置するのですか?他の誰かがgrid.arrangeを使用していますか?
  4. もしそうでなければ、layout()を適用する別の方法がありますか?ggplotのような配置ですか?

ありがとうございました。

+1

、より多くの最小限の例を作成してください。また、CRAN版のgridExtraを使用し、[このページ](https://github.com/hadley/ggplot2/wiki/Share-a-legend-between-two-ggplot2-graphs)をご覧ください。 )伝説のために。 – baptiste

+0

また、左のラベルはgrobにすることができます。ここでは幅を自由に定義できます。 – baptiste

答えて

23

あなたのp1には伝説がありません。したがって、伝説はありません。したがって、grid.arrangeへの呼び出しでは伝説はありません。

ここでは簡単な例を示します。それはあなたを始めなければなりません。

EDIT:widthsは伝説の幅をどのように使用するかggplot2バージョンコード更新0.9.3.1

# Load the required packages 
library(ggplot2) 
library(gtable) 
library(grid) 
library(gridExtra) 

# Generate some data 
df <- data.frame(x = factor(rep(1:5, 2)), Groups = factor(rep(c("Group 1", "Group 2"), 5))) 

# Get four plots 
p1 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank()) 
p2 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank()) 
p3 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank()) 
p4 <- ggplot(data = df, aes(x=x, y = sample(1:10, 10), fill = Groups)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity") + theme(axis.title.y = element_blank()) 

# Extracxt the legend from p1 
legend = gtable_filter(ggplotGrob(p1), "guide-box") 
# grid.draw(legend) # Make sure the legend has been extracted 

# Arrange the elements to be plotted. 
# The inner arrangeGrob() function arranges the four plots, the main title, 
# and the global y-axis title. 
# The outer grid.arrange() function arranges and draws the arrangeGrob object and the legend. 
grid.arrange(arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
         p2 + theme(legend.position="none"), 
         p3 + theme(legend.position="none"), 
         p4 + theme(legend.position="none"), 
         nrow = 2, 
         top = textGrob("Main Title", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5)), 
         left = textGrob("Global Y-axis Label", rot = 90, vjust = 1)), 
    legend, 
    widths=unit.c(unit(1, "npc") - legend$width, legend$width), 
    nrow=1) 

注意。結果は次のとおり

enter image description here

メインタイトルおよびグローバルY軸タイトルをvjustを用いて配置しました。たとえば、グローバルy軸のタイトルでより多くのスペースを取る場合は、それをtextGrobとして作成し、widthsを使用して幅を設定します。ここでは、inner arrangeGrobは4つのプロットとメインタイトルを配置します。外側のgrid.arrangeは、グローバルy軸タイトル、arrangeGrobオブジェクト、および凡例を配置して描画します。グローバルy軸タイトルの幅は3行に設定されています。

label = textGrob("Global Y-axis Label", rot = 90, vjust = 0.5) 
grid.arrange(label, 
      arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
         p2 + theme(legend.position="none"), 
         p3 + theme(legend.position="none"), 
         p4 + theme(legend.position="none"), 
         nrow = 2, 
         top = textGrob("Main Title", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5))), 
      legend, 
      widths=unit.c(unit(3, "lines"), unit(1, "npc") - unit(3, "lines") - legend$width, legend$width), 
      nrow=1) 

EDIT

あなたのデータ、およびサブセット化のために、あなたのコードを使用してデータを整形、私は最初のプロットから凡例を抽出し、最初の4つのプロットを描いた、そして、プロットを配置し凡例、およびラベル。コードは問題なく走った。

プロットにはいくつかの問題がありました(また、あなたのコードはあなたのポストに示されたプロットを生成できませんでした)。私は若干の変更を加えました。

# Load the libraries 
library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(reshape2) 

### 
# Your code from your post for getting the data, subsetting, and reshaping the data. 
### 

#and make a plot for each of the melted subsets 
p1 <- ggplot(split1_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
    ylab(NULL) 

p2 <- ggplot(split2_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
    ylab(NULL) 

p3 <- ggplot(split3_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
    ylab(NULL) 

p4 <- ggplot(split4_datam, aes(x = Loci, y = value, fill = variable)) + 
    geom_bar(position = "dodge", stat = "identity")+ geom_hline(yintercept = 0.05) + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size = 8)) + 
    ylab(NULL) 

# Extracxt the legend from p1 
legend = gtable_filter(ggplotGrob(p1), "guide-box") 
# grid.draw(legend) # Make sure the legend has been extracted 

# Arrange and draw the plot as before 
label = textGrob("p value", rot = 90, vjust = 0.5) 
grid.arrange(label, 
      arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"), 
         p2 + theme(legend.position="none"), 
         p3 + theme(legend.position="none"), 
         p4 + theme(legend.position="none"), 
         nrow = 2, 
         top = textGrob("Sensitivity", vjust = 1, gp = gpar(fontface = "bold", cex = 1.5))), 
      legend, 
      widths=unit.c(unit(2, "lines"), unit(1, "npc") - unit(2, "lines") - legend$width, legend$width), nrow=1) 

enter image description here

+0

サンディー、これは最高です! 私はあなたのコードをしようとしていますが、ここで説明したようなエラーが発生しています:http://stackoverflow.com/questions/5453840/how-can-i-change-the-default-theme-in-ggplot2 – Atticus29

+1

私は少し混乱しています。あなたが参照する投稿には 'ggExtra'と記載されていますが、' ggExtra'は[しばらく前に退会しました](https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!searchin/ggplot2/ggExtra/ggplot2/1bfqDGueNsc/vknZmlu1Fe8J) 。私が設定したおもちゃのデータを使って、自分のコードをそのまま実行している間にエラーが出るのですか?その場合、どのバージョンを使用していますか?私はRバージョン2.15.0を使用しています。 ggplot2バージョン0.9.1; gridExtraバージョン0.9です。私はコードをRコンソールに直接貼り付けて実行しました。問題はなかった。 –

+0

そして、コードはあなたのデータで動作しますが、プロットのマイナーチェンジを行います - 私の答えの編集を見てください。 –

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