WindowsでRMarkdownでbashを実行する（Git-Bash）

Question

RStudioの.rmdファイルでbash文を実行するには、次のようにします。

```{bash} 
ls 
``` 

最初に、RStudioはコードチャンクの横にある赤いボタンを表示してハングします。 OpenSSHバージョンのbashがシェルウィンドウを開いていることを知ったので、Windowsシステムのパスを調整して、...\Git\bin\bash.exeバージョンを実行しました。

bash: C:\Users\{me}\AppData\Local\Temp\RtmpmEF1jM\chunk-code3cb46c6027b3.: No such file or directory 

これはRmarkdownページ上で実行可能なように見えるだけで4つのエンジン（shのは、bash、PerlやPython）のそれぞれで発生（表示：

は、それから私は赤で、次のエラーを得ましたチャンクの右側の小さな緑の三角形）。これは、Python、SQL、Bash、Rcpp、Stan、JavaScript、CSSの場合は this pageに記述されている言語の例よりも少なく、 knitr::knit_enginesオブジェクトに含まれる38よりはるかに少ないです。

StackOverflowを検索すると、私はthis short exampleあなた自身の言語エンジンを書く方法を示していた。だから私はGitの-バッシュシェルにアクセスするには、それを修正し、次のように機能を登録：

eng_gitbash <- function(options) { ... } 
knitr::knit_engines$set(gitbash = eng_gitbash) 

しかし、私はチャンク、{r, engine='gitbash'}を実行したときに、私はこのエラーを得ました。

'"C:\Users\{me}\AppData\Local\Temp\RtmpmEF1jM\chunk-code3cb476f93db0."' is not recognized as an internal or external command, operable program or batch file. 

私はかかわらYihui謝の優れたドキュメントをたくさん読みましたが、私は私が書いたeng_gitbash機能をテストする方法を見つけるように見えることはできません。誰かが "オプション$エンジンをコードラインを実行するためにコマンドラインで直接使用する方法"を私に見せてもらえれば、私自身のバージョンを動かすことができるかもしれません。

また、一般的な質問として、言語エンジンの環境要件の説明に1）RStudioで実行可能であると認識され、2）Windowsの一時ファイルを使用して適切に実行されることを指摘できますか？

おかげで、スー

Answer 1

は、私が「直接」それを仕事と実行するために私のknitr言語エンジンの機能を得ることができました。それはかなり簡単です：

そして、それはRmarkdownファイルの言語チャンクの一種として機能します。しかし、以下の画面キャプチャから見ることができます：

1. 小さな緑色の三角形をクリックすると実行されます。しかし、1の出力は何ですか？
2. これはCTRL-SHIFT_ENTERで実行されます。しかし、小さな緑色の三角形はありません。

3. 実行されず、緑色の三角形ではありません。

   [上記の3つのチャンクのスクリーンキャプチャー] [1]（私は10個の評判ポイントを持ってまで、ああ、私は画像または二つ以上のリンクを投稿することができませんよ）

私がすることができますそれらの問題に生きる私はRStudioの新しいベータ版で試してみましたが、CTRL_ENTERで3つのチャンクをすべて実行するとうまくいきました。しかし、その後、私はファイル全体をニットに行ったとき、私は、次のスクリーンキャプチャに以下の2つのエラーを表示しました。

4. このエラーは、最初のチャンクに直接eng_gitbash関数が実行されたことが原因です。

5. eng_gitbash機能は登録されていないようですが、ファイルを編成する前にRスクリプトを使用していましたが、個々のチャンクを実行すると機能しました。

   [上記の2つのエラーのスクリーンキャプチャー] [2]

どのようにされて（私は10個の評判ポイントを持ってまで、ああ、私は、画像または二つ以上のリンクを投稿することができませんよ）個々のチャンクとは異なるページ全体を編成する設定ですか？

Answer 2

processing file: eng_gitbash.Rmd 
    |............ 
    ordinary text without R code 

    |...................... 
label: unnamed-chunk-l 
Quitting from lines 4-8 (eng_gitbash.Rmd) 
Error in eval(expr, envir, enclos) : attempt to apply non-function Calls: 
     <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval 

Line 4 Error in eval(expr, envir, enclos) : attempt to apply non-function Calls: 
     <Anonymous> ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval 


output file: eng_gitbash. knit.md 

Output created: eng_gitbash.html 
Warning messages: 
1: In get_engi ne(optionsSengi ne) : 
    Unknown language engine 'gitbash' (must be registered via knit_engines$set()) 

2: In get_engi ne(optionsSengi ne) : 
    Unknown language engine 'gitbash' (must be registered via knit_engines$set())