0
ゴール：私はバイオインフォマティクスプロジェクトに取り組んでいます。私は現在、tabPanelsを動的に作成するRコードを実装しようとしています（データ出力以外は本質的にカーボンコピーです）。同じ出力機能を使用するR-Shinyアプリのダイナミックタブ
実装：いくつかの調査を行った後、thisソリューションを実装しました。それは（私は "カーボンコピー"が作成されているパネル）の方法で動作しますが、私が必要とするデータを表示することはできません。
問題：私は自分のデータを表示する方法は問題ないと確信しています。問題は、同じ出力機能を使用して、hereと表示されているデータを表示できないことです。だから私は、サーバー側で動的にタブを生成するuiOutputを使用しています....
サーバー
library(shiny) library(shinythemes) library(dict) library(DT) ...# Irrelevant functions removed #... geneinfo <- read.table(file = "~/App/final_gene_info.csv", header = TRUE, sep = ",", na.strings = "N/A", as.is = c(1,2,3,4,5,6,7)) ui <- navbarPage(inverse = TRUE, "GENE PROJECT", theme = shinytheme("cerulean"), tabPanel("Home", #shinythemes::themeSelector(), fluidPage( includeHTML("home.html") )), tabPanel("Gene Info", h2('Detailed Gene Information'), DT::dataTableOutput('table')), tabPanel("File Viewer", sidebarLayout( sidebarPanel( selectizeInput(inputId = "gene", label = "Choose a Gene", choice = genes, multiple = TRUE), selectInput(inputId = "organism", label = "Choose an Organism", choice = orgs), selectInput(inputId = "attribute", label = "Choose an Other", choice = attributes), width = 2), mainPanel( uiOutput('change_tabs'), width = 10))), tabPanel("Alignment") ) ui.R
...私はコードを取得してみましょう。 Rserver <- function (input, output, session) {
# Generate proper files from user input
fetch_files <- function(){
python <- p('LIB', 'shinylookup.py', python=TRUE)
system(sprintf('%s %s %s', python, toString(genie), input$organism), wait = TRUE)
print('Done with Python file generation.')
# Fetch a temporary file for data output
fetch_temp <- function(){
if(input$attribute != 'Features'){
if(input$attribute != 'Annotations'){
chosen <- toString(attribute_dict[[input$attribute]])
}
else{
chosen <- toString(input$sel)
extension <<- '.anno'
}
}
else{
chosen <- toString(input$sel)
extension <<- '.feat'
}
count = 0
oneline = ''
f <- paste(toString(genie), toString(input$organism), sep = '_')
f <- paste(f, extension, sep = '')
# Writes a temporary file to display output to the UI
target <- p('_DATA', f)
d <- dict_fetch(target)
temp_file <- tempfile("temp_file", p('_DATA', ''), fileext = '.txt')
write('', file=temp_file)
vectorofchar <- strsplit(toString(d[[chosen]]), '')[[1]]
for (item in vectorofchar){
count = count + 1
oneline = paste(oneline, item, sep = '')
# Only 60 characters per line (Find a better solution)
if (count == 60){
write(toString(oneline), file=temp_file, append=TRUE)
oneline = ''
count = 0
}
}
write(toString(oneline), file=temp_file, append=TRUE)
return(temp_file)
}
# Get the tabs based on the number of genes selected in the UI
fetch_tabs <- function(Tabs, OId, s = NULL){
count = 0
# Add a select input or nothing at all based on user input
if(is.null(s)==FALSE){
selection <- select(s)
x <- selectInput(inputId = 'sel', label = "Choose an Annotation:", choices = selection$keys())
}
else
x <- ''
for(gene in input$gene){
if(count==0){myTabs = character()}
count = count + 1
genie <<- gene
fetch_files()
file_tab <- lapply(sprintf('File for %s', gene), tabPanel
fluidRow(
titlePanel(sprintf("File for %s:", gene)),
column(5,
pre(textOutput(outputId = "file")),offset = 0))
)
addTabs <- c(file_tab, lapply(sprintf('%s for %s',paste('Specific', Tabs), gene), tabPanel,
fluidRow(
x,
titlePanel(sprintf("Attribute for %s:", gene)),
column(5,
pre(textOutput(outputId = OId), offset = 0)))
))
# Append additional tabs every iteration
myTabs <- c(myTabs, addTabs)
}
return(myTabs)
}
# Select the proper file and return a dictionary for selectInput
select <- function(ext, fil=FALSE){
f <- paste(toString(genie), toString(input$organism), sep = '_')
f <- paste(f, ext, sep = '')
f <- p('_DATA', f)
if(fil==FALSE){
return(dict_fetch(f))
}
else if(fil==TRUE){
return(toString(f))
}
}
# Output gene info table
output$table <- DT::renderDataTable(
geneinfo,
filter = 'top',
escape = FALSE,
options = list(autoWidth = TRUE,
options = list(pageLength = 10),
columnDefs = list(list(width = '600px', targets = c(6))))
)
observe({
x <- geneinfo[input$table_rows_all, 2]
if (is.null(x))
x <- genes
updateSelectizeInput(session, 'gene', choices = x)
})
# Output for the File tab
output$file <- renderText({
extension <<- '.gbk'
f <- select(extension, f=TRUE)
includeText(f)
})
# Output for attributes with ony one property
output$attributes <- renderText({
extension <<- '.kv'
f <- fetch_temp()
includeText(f)
})
# Output for attributes with multiple properties (features, annotations)
output$sub <- renderText({
f <- fetch_temp()
includeText(f)
})
# Input that creates tabs and selectors for more input
output$change_tabs <- renderUI({
# Fetch all the appropriate files for output
Tabs = input$attribute
if(input$attribute == 'Annotations'){
extension <<- '.anno'
OId = 'sub'
s <- extension
}
else if(input$attribute == 'Features'){
extension <<- '.feat'
OId = 'sub'
s <- extension
}
else{
OId = 'attributes'
s <- NULL
}
myTabs <- fetch_tabs(Tabs, OId, s = s)
do.call(tabsetPanel, myTabs)
})
}
)
説明：今、私はthaの承知していますしかし、私の問題はの出力$ change_tabs（最後の機能です）にあります。fetch_tabs（）を呼び出しています。フェッチタブは入力$遺伝子（遺伝子番号selectizeInput（multiple = TRUE））を使用して、ユーザーが選択した遺伝子ごとに2つのタブのセットを動的に作成します。
何が起こっているのですか：したがって、ユーザーが2つの遺伝子を選択すると、4つのタブが作成されます。 5つの遺伝子で10個のタブが作成されています...等々...各タブはデータを除いて全く同じです。
道路障害物：各タブのしかし...私は表示するデータのために（彼らはまったく同じなので）同じ出力IDを使用しようとしている（textOutput（outputId =「ファイル」 ））。上の2番目のリンクで説明したように、これはHTMLのため動作しません。
質問：私はいくつかのソリューションの調査を試みましたが、むしろthisソリューションを実装する必要はありません。あまりにも多くのコードを書き直す必要はありません。 出力$ファイルの機能をラップまたは修正できるリアクティブまたはオブザーバ機能を追加する方法はありますか？または、do.call（tabsetPanel、myTabs）の後に、自分のタブに情報を追加する方法がありますか？私はこれについて正しい考え方をしていますか？
私のコードにはコメントがありませんので、事前にお詫び申し上げます。あなたが解決策を持っていなくても、私のコーディングスタイルをコメントで批評してください。お願いしてありがとう！
これはまさに私に起こったことです。私のタブを生成するためにelの最終的な値だけが使用されていました。私もこれを実装し、何が起こるか見る必要があります。昨日から私の解決策は非常に醜いので、私たちは間違いなくこれから恩恵を受けるでしょう。知らせます！ –
私はこの解決策を試しました。私が必要とするものに対しては機能しません。私が抱えている問題は確かに反応式ですが、動的出力関数を追加すると問題が複雑になります。それは理にかなっていますか？ –