CWLファイルに2つのbashコマンドを入れる方法は？

Question

CWLツールの新機能です。私はすなわち、bashのいずれかがbasecommandでコマンドを使用することができます。：

basecommand cat 

または

basecommand [wc, -w] 

どのように私はそれが

cat | wc -w 

と同じがどうなるん作ってそれを修正する必要がありますか？

Answer 1

一つは、引数で入力を指定する引数とInlineJavascriptRequirementを使用する必要があります。

baseCommand: cat 

arguments: 
    - $(inputs.infile) 
    - "|" 
    - wc 
    - w 

Answer 2

また、bashスクリプトを書いて、CWLでスクリプトを実行することができます。私は：

basecommand: sh 
inputfile: script.sh 

このスクリプトには、catやwcなどのコマンドがすべて含まれている可能性があります。スクリプトは、ファイルや文字列などのコマンドのための他の入力も取得することができ、$ 1と$ 2によってスクリプト内でそれらを使用し、$ 1が最初の引数に関係します。