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lmer(lme4 version 1.1.12)モデルでは、ランダムなエフェクト属性(条件付きの分散)を抽出しようとしました。シロイヌナズナのデータセットでRandom(model、condVar)属性NULL、postVarは結果を示します+推奨されない警告
:
#Model maybe makes no sense and fits horribly, but that doesn't matter for my point
model <- lmer(total.fruits ~ nutrient * gen + (nutrient + gen | reg), data=Arabidopsis)
# Get conditional variances with postVar generates output + warning
attr(ranef(model, postVar=T)[[1]], "postVar")
, , 1
[,1] [,2] [,3]
[1,] 45.263 -3.37843 -1.57356
[2,] -3.378 0.70041 0.01081
[3,] -1.574 0.01081 0.08008
, , 2
[,1] [,2] [,3]
[1,] 98.09 -1.519936 -4.790450
[2,] -1.52 0.314335 0.005048
[3,] -4.79 0.005048 0.250406
, , 3
[,1] [,2] [,3]
[1,] 19.1829 -1.8417121 -0.5693759
[2,] -1.8417 0.4106308 -0.0009613
[3,] -0.5694 -0.0009613 0.0301338
Warning message:
In ranef.merMod(model, postVar = T) :
‘postVar’ is deprecated: please use ‘condVar’ instead
しかし、condVarで:
#Input
attr(ranef(model, condVar=T)[[1]], "condVar")
#Output
NULL
私はまったく同じ動作を得る別のデータセット、での作業中(postVarは動作しますが、与えることを発見しました警告、condVarは何もしません)。
私は今postVarに固執して警告を無視していますが、これで不足しているものがあるのか、それともバグか、何か間違っているのを知りたかったのですか? (私はggplotを使ってqqplotを作成しようとしていますが、postCondを使用しないとうまくいかないことがわかりました) コメントはありません。 ありがとう!
OK!だから私は、属性を抽出するときに警告を無視することは安全だと思いますか?私は実際に 'attr(ranef(model、condVar = T)[1]]、' postVar ') 'を試してみました。明確化のために多くのありがとう! –