2016-08-24 1 views
0

lmer(lme4 version 1.1.12)モデルでは、ランダムなエフェクト属性(条件付きの分散)を抽出しようとしました。シロイヌナズナのデータセットでRandom(model、condVar)属性NULL、postVarは結果を示します+推奨されない警告

#Model maybe makes no sense and fits horribly, but that doesn't matter for my point 
model <- lmer(total.fruits ~ nutrient * gen + (nutrient + gen | reg), data=Arabidopsis) 

# Get conditional variances with postVar generates output + warning 
attr(ranef(model, postVar=T)[[1]], "postVar") 


    , , 1 

     [,1]  [,2]  [,3] 
[1,] 45.263 -3.37843 -1.57356 
[2,] -3.378 0.70041 0.01081 
[3,] -1.574 0.01081 0.08008 

, , 2 

     [,1]  [,2]  [,3] 
[1,] 98.09 -1.519936 -4.790450 
[2,] -1.52 0.314335 0.005048 
[3,] -4.79 0.005048 0.250406 

, , 3 

     [,1]  [,2]  [,3] 
[1,] 19.1829 -1.8417121 -0.5693759 
[2,] -1.8417 0.4106308 -0.0009613 
[3,] -0.5694 -0.0009613 0.0301338 


Warning message: 
In ranef.merMod(model, postVar = T) : 
    ‘postVar’ is deprecated: please use ‘condVar’ instead 

しかし、condVarで:

#Input 
attr(ranef(model, condVar=T)[[1]], "condVar") 
#Output 
NULL 

私はまったく同じ動作を得る別のデータセット、での作業中(postVarは動作しますが、与えることを発見しました警告、condVarは何もしません)。

私は今postVarに固執して警告を無視していますが、これで不足しているものがあるのか​​、それともバグか、何か間違っているのを知りたかったのですか? (私はggplotを使ってqqplotを作成しようとしていますが、postCondを使用しないとうまくいかないことがわかりました) コメントはありません。 ありがとう!

答えて

0

これは間違いありません。がcondVarに変更されましたが、属性名はまだpostVarある引数...

attr(ranef(model, condVar=TRUE)[[1]], "postVar") 
+0

OK!だから私は、属性を抽出するときに警告を無視することは安全だと思いますか?私は実際に 'attr(ranef(model、condVar = T)[1]]、' postVar ') 'を試してみました。明確化のために多くのありがとう! –

関連する問題