2016-04-18 19 views
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事前計算された値のエラーバーをggplotのバープロットに「列単位」でプロットすることはできますか?ggplotエラーバーの事前計算値

このbarplotを生成
require(ggplot2) 
library("ggplot2") 
require(reshape2) 
library("reshape2") 

df <- structure(list(PVC1 = 0.4019026, PVC2 = 0.4479259, PVC3 = 0.4494118, PVC4 = 0.4729437, 
       PVC5 = 0.4800556, PVC6 = 0.449229, PVC7 = 0.4905295, PVC8 = 0.4457566, 
       PVC9 = 0.4271259, PVC10 = 0.4850341, PVC11 = 0.4369965, PVC12 = 0.4064052, 
       PVC13 = 0.3743776, PVC14 = 0.3603853, PVC15 = 0.3965469, PVC16 = 0.365461), 
       .Names = c("PVC1","PVC2","PVC3","PVC4","PVC5","PVC6","PVC7","PVC8", 
          "PVC9","PVC10","PVC11","PVC12","PVC13","PVC14","PVC15","PVC16"), 
       class = "data.frame", 
       row.names = c(NA, -1L) 
      ) 

melted_df <- melt(df, variable.name = "Locus", value.name = "GC") 
st_dev <- c(0.023031363, 0.024919217, 0.017371129, 
     0.019008759, 0.026650605, 0.026904926, 
     0.024227542, 0.017767553, 0.026152478, 
     0.039770898, 0.023929714, 0.028845442, 
     0.015572219, 0.024967336, 0.014955416, 0.024569096) 



gc_chart <- ggplot(melted_df, aes(Locus, GC*100, fill=Locus,)) + 
       geom_bar(stat = "identity") 
gc_chart <- gc_chart + ylab("GC Content (%)") 
gc_chart <- gc_chart + theme(axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) 
gc_chart <- gc_chart + geom_abline(intercept=40.8891366, 
           slope=0, 
           colour="blue", 
           linetype="dashed") 
gc_chart <- gc_chart + coord_cartesian(ylim=c(0,60)) 
gc_chart 

enter image description here

私は彼らに、私の事前計算されたSTの開発者の各値をプロットできるようにしたいのですが、次を考える

プロット内の対応する列。

geom_errorbarベクターにこれを行うことができますか?または最初にデータフレームにst dev情報を含める方が簡単でしょうか?

答えて

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(ちなみに、私は目のDEV自体を計算するRが届かない理由は、Rは、からそれを計算するためのデータがないので、私はすでに、グラフ上の平均値をプロットしていますということです)可能であれば、それはお勧めできないと思います。特に、melted_dfからのGC値は、とにかくyminymaxの値を計算するために必要です。しかし何らかの理由でmelted_dfを変更しないようにしたい場合は、いつでも行うことができます:

gc_chart + 
    geom_errorbar(aes(Locus, 
        ymin = (GC - cbind(melted_df, st_dev)$st_dev)*100, 
        ymax = (GC + cbind(melted_df, st_dev)$st_dev)*100)) 
+0

完璧!これは仕事です! –

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