OWLファイルをOBOに変換するPerlモジュール

Question

私はPerlを初めて使用しています。以前はCPANモジュールを使用していませんでした.OWLファイルをOBO形式に変換する必要があります。私は「ONTO-PERL-1.37」モジ​​ュールを正常にインストールしました。私は、次のスクリプトを使用したい：

use Carp; 
use strict; 
use warnings; 

use OBO::Parser::OWLParser; 

my $my_parser = OBO::Parser::OWLParser->new(); 
my $ontology = $my_parser->work(shift(@ARGV)); 
$ontology->export('obo'); 

exit 0; 

ENDを

私の質問です私はイエスどのように上記のスクリプトのために行うことができるならば、入力OWLファイルを宣言する必要がありますか？

Answer 1

このスクリプトは、コマンドラインから引数を受け取ります。これはshift(@ARGV)の対象です。 shiftはリストから最初の要素を削除し、@ARGVは、perl owl2obo.pl my-ontology.owlでスクリプトを実行すると、コマンドライン引数として指定されたファイル名でいっぱいのリストです。

それは簡単にした場合、あなたは

my $ontology = $my_parser->work('/the/path/to/ontology.owl'); 

または

my $owlfile = shift(@ARGV) || '/path/to/owlfile.owl'; 
my $ontology = $my_parser->work($owlfile); 

でスクリプトを変更することができます。