2013-05-12 2 views
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Ubuntu 10.04で今朝R(ubuntu)パッケージの負荷を更新しました。私が試した最初のRスクリプトは、動物園はR 3.0.0用に作られていないと言いました。そこで私はsudo Rを実行し、次にを実行して、過去数年間にインストールしたCRANパッケージをすべて同期させると仮定します。R 3.0.0アップデートで2.xパッケージのロードが互換性がなくなりました

しかし、それはなかったし、動物園、Rcppなどは動作しません。実際、インストールされているパッケージの半分以上が2.x.x用に構築されています。 (x=installed.packages();x[sort.list(x[,'Built']),c('Built','Version','Depends','LinkingTo','NeedsCompilation')]

これは厳しいですか、すべてのパッケージが3.0.0の準備が整っているわけではありません。私は(Ubuntuで)以前のバージョンに戻すべきですか?または、3.x.xに別のCRANサイトを使用する必要がありますか?すべての2.xパッケージを削除してから、それらを新しくインストールし直しても問題ありませんか?または...?

    Built Version  Depends               LinkingTo    NeedsCompilation 
Defaults   "2.13.1" "1.1-1"  NA                 NA     NA    
itertools   "2.13.1" "0.1-1"  "R (>= 2.5.0), iterators(>= 1.0.0)"        NA     NA    
openNLP    "2.13.1" "0.0-8"  NA                 NA     NA    
reshape    "2.13.1" "0.8.4"  "R (>= 2.6.1), plyr"            NA     NA    
RUnit    "2.13.1" "0.4.26" "R (>= 2.5.0), utils (>= 2.5.0), methods (>= 2.5.0)"    NA     NA    
multicore   "2.14.1" "0.1-7"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
RMySQL    "2.15.0" "0.9-3"  "R (>= 2.8.0), methods, DBI (>= 0.2-2), utils"      NA     NA    
foreach    "2.15.1" "1.4.0"  "R (>= 2.5.0)"              NA     NA    
iterators   "2.15.1" "1.0.6"  "R (>= 2.5.0), utils"            NA     NA    
labeling   "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
memoise    "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
RColorBrewer  "2.15.1" "1.0-5"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
bitops    "2.15.2" "1.0-5"  NA                 NA     NA    
e1071    "2.15.2" "1.6-1"  "class"               NA     NA    
IBrokers   "2.15.2" "0.9-10" "xts"                NA     NA    
mgcv    "2.15.2" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
munsell    "2.15.2" "0.4"  NA                 NA     NA    
randomForest  "2.15.2" "4.6-7"  "R (>= 2.5.0), stats"            NA     NA    
rbenchmark   "2.15.2" "1.0.0"  NA                 NA     NA    
tree    "2.15.2" "1.0-33" "R (>= 2.15.0), grDevices, graphics, stats"      NA     NA    
tseries    "2.15.2" "0.10-30" "R (>= 2.10.0)"             NA     NA    
zoo     "2.15.2" "1.7-9"  "R (>= 2.10.0), stats"            NA     NA    
Cairo    "2.15.3" "1.5-2"  "R (>= 2.4.0)"              NA     NA    
dichromat   "2.15.3" "2.0-0"  "R (>= 2.10), stats"            NA     NA    
digest    "2.15.3" "0.6.3"  "R (>= 2.4.1)"              NA     "yes"    
doMC    "2.15.3" "1.3.0"  "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel" NA     "no"    
FastRWeb   "2.15.3" "1.1-0"  "R (>= 2.0.0), Cairo"            NA     NA    
forecast   "2.15.3" "4.03"  "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         "Rcpp, RcppArmadillo" "yes"    
fracdiff   "2.15.3" "1.4-2"  NA                 NA     NA    
ggplot2    "2.15.3" "0.9.3.1" "R (>= 2.14), stats, methods"          NA     "no"    
gtable    "2.15.3" "0.1.2"  "R (>= 2.14), grid"            NA     NA    
inline    "2.15.3" "0.3.11" "R (>= 2.4.0), methods"           NA     "no"    
microbenchmark  "2.15.3" "1.3-0"  NA                 NA     "yes"    
nnet    "2.15.3" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
PerformanceAnalytics"2.15.3" "1.1.0"  "R (>= 2.14.0), zoo, xts (>= 0.8-9)"        NA     NA    
plyr    "2.15.3" "1.8"  "R (>= 2.11.0)"             NA     NA    
proto    "2.15.3" "0.3-10" NA                 NA     NA    
quantmod   "2.15.3" "0.4-0"  "Defaults, xts(>= 0.9-0), zoo, TTR(>= 0.2), methods"    NA     NA    
Rcpp    "2.15.3" "0.10.3" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
RcppArmadillo  "2.15.3" "0.3.800.1" "R (>= 2.14.0), Rcpp (>= 0.10.2)"         "Rcpp"    "yes"    
RCurl    "2.15.3" "1.95-4.1" "R (>= 2.7.0), methods, bitops"         NA     "yes"    
reshape2   "2.15.3" "1.2.2"  NA                 NA     NA    
RInside    "2.15.3" "0.2.10" "R (>= 2.10.0), Rcpp (>= 0.8.5)"         "Rcpp"    NA    
rJava    "2.15.3" "0.9-4"  "R (>= 2.5.0), methods"           NA     "yes"    
rjson    "2.15.3" "0.2.12" "R (>= 2.12.0)"             NA     NA    
Rserve    "2.15.3" "1.7-0"  "R (>= 1.5.0)"              NA     NA    
RWeka    "2.15.3" "0.4-16" "R (>= 2.6.0)"              NA     "no"    
RWekajars   "2.15.3" "3.7.9-1" NA                 NA     "no"    
scales    "2.15.3" "0.2.3"  "R (>= 2.12), methods"            NA     NA    
slam    "2.15.3" "0.1-28" "R (>= 2.8.0)"              NA     NA    
stringr    "2.15.3" "0.6.2"  "R (>= 2.14)"              NA     NA    
tm     "2.15.3" "0.5-8.3" "R (>= 2.14.0), methods"           NA     NA    
TTR     "2.15.3" "0.22-0" "xts (>= 0.9-3)"             "xts"     "yes"    
XML     "2.15.3" "3.96-1.1" "R (>= 1.2.0), methods, utils"          NA     "yes"    
xts     "2.15.3" "0.9-3"  "zoo (>= 1.7-2)"             "zoo (>= 1.7.2)"  NA    
xtsExtra   "2.15.3" "0.0-1"  "zoo, xts"               NA     NA    
colorspace   "3.0.0" "1.2-2"  "R (>= 2.13.0), methods"           NA     "yes"    
DBI     "3.0.0" "0.2-7"  "R (>= 2.15.0), methods"           NA     "no"    
Hmisc    "3.0.0" "3.10-1.1" "R (>= 2.4.0), methods, survival"         NA     "yes"    
quadprog   "3.0.0" "1.5-5"  "R (>= 2.15.0)"             NA     "yes"    
RSQLite    "3.0.0" "0.11.3" "R (>= 2.10.0), methods, DBI (>= 0.2-5)"       NA     "yes"    
base    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
boot    "3.0.0" "1.3-9"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats"         NA     NA    
class    "3.0.0" "7.3-7"  "R (>= 3.0.0), stats, utils"          NA     "yes"    
cluster    "3.0.0" "1.14.4" "R (>= 2.10.0), stats, graphics, utils"       NA     "yes"    
codetools   "3.0.0" "0.2-8"  "R (>= 2.1)"              NA     NA    
compiler   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
datasets   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
foreign    "3.0.0" "0.8-53" "R (>= 2.14.0), stats"            NA     "yes"    
graphics   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grDevices   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grid    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
KernSmooth   "3.0.0" "2.23-10" "R (>= 2.5.0), stats"            NA     "yes"    
lattice    "3.0.0" "0.20-15" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
MASS    "3.0.0" "7.3-26" "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"     NA     "yes"    
Matrix    "3.0.0" "1.0-12" "R (>= 2.15.0), stats, methods, utils, lattice"     NA     "yes"    
methods    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
mgcv    "3.0.0" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
nlme    "3.0.0" "3.1-109" "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"         NA     NA    
nnet    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
parallel   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
rpart    "3.0.0" "4.1-1"  "R (>= 2.14.0), graphics, stats, grDevices"      NA     "yes"    
spatial    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats, utils"        NA     NA    
splines    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats4    "3.0.0" "3.0.0"  "methods, graphics, stats"           NA     NA    
survival   "3.0.0" "2.37-4" "stats, utils, graphics, splines, R (>= 2.13.0)"     NA     "yes"    
tcltk    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
tools    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
utils    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
+0

はBTW Rcppに依存CRANの110個のパッケージがあり、彼らR 2.15を持つすべての作業* _and_ R 3.0.0が、あなたは適切に取る必要があります。あなたの最後に物事を気遣う。 –

+2

脇に: 'sudo'を使うのはいい考えではないでしょう。あなた自身をライブラリディレクトリを所有するグループのメンバーにする方がよいでしょう。 – GSee

+0

重要な列(右端)が見つけやすい(スクロールする必要がない)ように、いくつかの列を取り除きたい場合があります。私はこのポストを見て初めてそれを逃した。 –

答えて

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必要なコマンドは、ない何な状態です:update.packages(ask=F)ではなく、次のようupdate.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)

これを試してください。それでも、まだ維持管理されているすべてのCRANパッケージはもちろん対応します。 github、Simonのrforge、r-forge、または他のランダムなrepoからインストールしたものは、手動によるヘルプが必要です。

この問題は、R 3.0.0が出て以来、さまざまな場所で議論されています。

+1

Dirkさん、ありがとうございました。 StackOverflowについても今議論されているのでうれしいでしょう.-あなたに多くの報酬を与えるでしょう;-) –

+2

説明のためだけです。 Debian/Ubuntu r-cran aptパッケージが遅れている状況にあり、texliveのようなものをすべて壊すでしょうか?私はこれらのソリューションのいずれかを動作させるように見えることができないので、私はすべてを取り除き、 'r-base'から始めます。 –

+0

@TrevorAlexander:それは疑問のない質問です。どのようなディストロ?どのバージョン?あなたの問題は何ですか? r-sig-debianのリスト(Ubuntuのサーバも同じです)では、ここで18ヶ月前の質問をハイジャックするのではなく、何か具体的かつ再現可能なものを求めてください。 –

4

ダークの答えは、R-ForgeからインストールされたxtsExtraだけを残して、ほとんどの方法で私を得ました。私はに対してupdate.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE, repos="http://R-Forge.R-project.org")を推奨しているので、CRANパッケージの一部をR-Forgeのバージョンに更新するようです。それはもっと実験的なバージョン(?)をインストールすることを意味するかもしれません。

だから、私の代わりにこれをしなかった:

remove.packages('xtsExtra') 
install.packages("xtsExtra", repos="http://R-Forge.R-project.org") 
+2

あなたは[この記事](http://stackoverflow.com/questions/3971815/automagically-update-packages-installed-from-r-forge)を見たことがありますか? – GSee

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ありがとう@Gsee。それは興味深いことでしたが、シンプルな方法がないことを示すことは特に重要でした。まあ、実際には、より簡単な方法があります:私の答えを参照してください;-) –

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私は従いません。 R-Forgeから更新したいすべてのパッケージを削除してから、再インストールすることをお勧めしますか? – GSee