ナビゲーションはページの一番上に固定されていますが、iframeに埋め込まれたYouTube動画がスクロールされていると、navの上に表示されます（オーバーレイやモーダルウィンドウのdivなど）。iframeの上に固定ナビゲーションバーを強制しますか？
Z-インデックスを設定しようとしましたが、無駄です。
埋め込みオブジェクトにwmode = "opaque"を設定すると、以前のスタイルのFlash埋め込みでも動作するようになりましたが、HTML5で作業し、特定の設定をする必要はありませんビデオにあなたが不透明または透明にフレームのWMODEを設定する必要が
正しい答えは、あなたのiframe SRC値のYouTubeクエリ文字列としてのwmode =不透明を設定することです。
属性がありませんiframe用のOpaqueです。属性許可の完全なリストはここにある： http://www.w3schools.com/tags/tag_iframe.asp
この更新jsfiddleは古いスタイルの埋め込みタイプとあなたがしたくないのzインデックスを残し、唯一HTML5 APIを埋め込むYouTubeの方法が含まれています。
http://jsfiddle.net/EB6gN/16/
動画の再生をクリックすると、黒い画面が表示されます。これは、現在のYouTube HTML5フラッシュフォールバックバグのためです。 iframeのサイズが大きくなるとコントロールが表示されますが、プレーヤーは壊れています。その情報については、この投稿を参照してください：
https://stackoverflow.com/a/10560802/1195891
を埋め込みます。また、そのパラメータをiFrameのYouTube動画に追加する必要があります。
詳細はwmodeです。
EDIT：すべてを不透明に設定するworks just fine, in Chrome at least。