k-meansクラスタによるggplotのプロット行列の着色？

Question

私は、ggplot2を使って6つのデータ変数の対のプロットを作成しようとしています。私は非常に印象的な「GGally」パッケージのドキュメンテーションとAdam Laiacano [http://adamlaiacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2]の非公式修正を読みました。残念ながら、どちらの方法でも目的の出力を得る方法が見つかりませんでした。

#The Swiss fertility dataset has been used here 

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE) 
data_ <- na.omit(data_) 

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7) 
x <- data_[,u] 
k <- 3 
maxIterations <- 100 
noOfStarts <- 100 
filename <- 'swiss.csv' 

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(GGally) 

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts) 

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster)) 
names(xNew)[7] <- 'cluster' 
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster) 

OR 

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster)) 

両方のプロットが作成されますが、クラスタに応じて色付けされていません - ：ここでは

は、サンプルコードです。

私はフォーラムでこの質問に対する回答を見逃しておらず、本当に謝罪しています。どんな助けも高く評価されます。

ありがとうございます！

Answer 1

plotmatrix2次の若干の修正が私のために正常に動作します：

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes()) 
{ 
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data)) 
    grid <- subset(grid, x != y) 
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) { 
     xcol <- grid[i, "x"] 
     ycol <- grid[i, "y"] 
     data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
      x = data[, xcol], y = data[, ycol], data) 
    })) 
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data)) 
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data)) 
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) { 
     data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
      x = data[, i]) 
    })) 
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data)) 
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data)) 
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y")) 
    class(mapping) <- "uneval" 
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
     geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
     y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
     position = "identity", colour = "grey20", geom = "line") 
} 


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl))) 

それは、ggplot2バージョンの問題かもしれないが、私はdensitiesデータフレームにファセット変数を強制しなければなりませんでしたファクタ（それはGGallyバージョンでさえ私に壊れているようです）。また、一般的にベクトルをaes()に渡すのではなく、単に列名を渡します。