Rのさまざまなバージョンのパフォーマンスを比較するためにknitrを使用するにはどうすればよいですか？

Question

私はこれは原則的に十分に簡単であるR.の異なるバージョンではいくつかのコードのパフォーマンスを評価したい：

• スタートR
• 使用system.time()それがコード
の一部を実行するのにかかる時間を測定します
• R
• リンスを終了し、今異なるバージョンで

を繰り返して、私はこれを行うためのレポートを作成するためにknitrを使用したいです。ですから、私は各チャンクで新しいセッションを開始する仕組みが必要です。

どうすればよいですか？

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サンプル番号knitrデモ用のマークダウンコードがあります。このコードはggplotを使ってグラフィックをプロットしますが、各チャンクに対して新しいバージョンのRを開始する方法がわからないので、両方のバージョンが同じタイミングを返すことは明らかです。

Comparison of R performance 
======================================================== 

# Do analysis in R version 2.14 

```{r fig.width=6, fig.height=3} 
library(ggplot2) 
data(diamonds) 

system.time({ 
    p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point() 
    print(p) 
}) 
``` 


# Repeat same analysis in R 2.15 

```{r fig.width=6, fig.height=3} 
library(ggplot2) 
data(diamonds) 

system.time({ 
    p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point() 
    print(p) 
}) 
``` 

Answer 1

knitrwas easyにRscriptエンジンを追加、私はan R bugバック保持しました。とにかく、このエンジンはversion 1.1.5から利用可能で、バージョン1.2としてCRAN上に置かれます。

チャンクオプションengine='Rscript'とengine.path='path/to/the/desired/Rscript'を指定できるようになりました。

大規模なパフォーマンス比較では、上記のコメントで提案したAri B. Friedmanの方が良い方法だと思います。比較のためのコードチャンクがたくさんある場合は、エンジンパスを入力するのは面倒です。