Rは "dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib"で壊れています

Question

私はBrew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlibに従うことを試みていますが、それは役に立ちません。私は私のRが今日以前働いていたが、私は（私のRが最初にインストールされたか）condaを通じてr-essentialsを設置し、現在、次のエラーを取得しています：

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R 
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5 

Answer 1

私は私の全体のアナコンダディレクトリを削除して:(を再インストールすることになりました後知恵で

、私はちょうど奇妙が起こったと私は再びすべてを再インストールするために必要なものを包みシェルスクリプトを作成するために必要なことに気づいた。私はインストール毎回私が思う新しいモジュールは役に立ちます。ここに追加するだけです。ここで

はすべて私PythonとRパッケージです：

# Python 
conda install xarray --yes 
conda install holoviews --yes 
conda install seaborn --yes 
conda install scikit-learn --yes 
conda install scikit-image --yes 
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes 
conda install dill --yes 
conda install pandas --yes 
conda install numpy --yes 
conda install networkx --yes 
conda install scipy --yes 
pip install fastcluster 
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes 
conda install bokeh --yes 
conda install BioPython --yes 
conda install tqdm --yes 
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3 
conda install dask --yes 
conda install numba --yes 
pip install nbopen 
pip install nbextensions 
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master 
conda install html5lib --yes 
pip install selenium 
conda install phantoms --yes 
pip install pubchempy —yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics 
pip install plotly 
pip install ete3 

# R 
conda install -c r r --yes 
conda install -c r r-essentials --yes 
conda install -c r r-rserve --yes 
conda install -c r r-devtools --yes 
conda install -c r r-rcurl --yes 
conda install -c r r-RJSONIO --yes 
conda install -c r r-jpeg --yes 
conda install -c r r-png --yes 
conda install -c r r-roxygen2 --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes 

Answer 2

ファイルlibpcre.1.dylibが@rpath

に私はは/ opt/local/libの/からlibpcre.1.dylibを発見されていません とfのあなたが似たような状況を持っている場合は、これらの2つのコマンドcondaはRのライブラリを入れてシンボリックリンク、私の場合は

~/anaconda/lib/R/lib 

を作りましたewの変更はあなたを助けるはずです

cd /Users/you_username/anaconda/lib/R/lib 

ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib 

問題が解決しました。

Rが既にコンピュータにインストールされていて、
r-essentialsが後でanacondaに追加された場合、libpcre.1.dylibはインストール済みであるため追加しないでください。しかし、終了すると@rpathは更新されませんでした。