2017-12-26 19 views
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macOS 10.12を使用して、端末からRmdファイルを編み込もうとしています。私は自作のRをインストールしましたが、私は次のことをしようとすると:Rmarkdownでライブラリパスが見つかりません

$ Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')" 

エラーが表示されます。

Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘rmarkdown’ 
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> 
Execution halted 

私は1つのライブラリをエクスポートする必要があるだろうと、このrelated questionのベースを想定しています。

だから私はR Studioで試してみました:

$ export R_LIB= usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

が、これは誤りスロー:ターミナルで

> .libPaths() 
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library" 

してから続行する方法について

-bash: export: `usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library': not a valid identifier 

任意の提案をここからは非常に感謝しています!

+0

エクスポートのスラッシュがありません。 –

+0

'/ usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library'は' .libPaths() 'の返り値と一致しない同じエラー –

+0

を投げません –

答えて

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bashで割り当てるときに、=記号の周囲にスペースを入れることはできません。これが「有効ではない識別子」エラーの原因です。

export R_LIB=usr/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

これはあなたのBashの問題を解決しますが、私はそれはあなたがusr/Libraryディレクトリを持っているとは考えにくい超え見つけるあなたはR.で達成しようとしているかわからないんだけど。あなたは、ユーザー固有のライブラリを探し、同様にR_LIBSするRを伝えR_LIBS_USERと呼ばれるan environment variableを設定することができます。

The library search path is initialized at startup from the environment variable R_LIBS (which should be a colon-separated list of directories at which R library trees are rooted) followed by those in environment variable R_LIBS_USER . Only directories which exist at the time will be included.

By default R_LIBS is unset, and R_LIBS_USER is set to directory ‘ R/R.version$platform-library/x.y ’ of the home directory (or ‘ Library/R/x.y/library ’ for CRAN macOS builds), for R x.y.z.

私はあなたが探していることも疑い:

export R_LIBS=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 

それとも、それはユーザーの場合具体的には:

export R_LIBS=$HOME/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library 
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