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私はPythonには新しく、これをbashスクリプトに埋め込むようにしています。変数呼び出し側のパイソンに保存されているがカッコpythonをbashスクリプトに埋め込みました
PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`
私はこの割合の計算を実行したいと思います
#!/bin/bash
while read line
do
ORD=`echo $line | cut -c 1-7`
if [[ -r ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa ]]
then
touch ../Results/Log_Files/Log_${ORD}.txt
for ((win = 2; win < 20; win += 2)); do
printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
for ((per = 50; per < 100; per += 2)); do
printf 'Value of per is %d\n' "$per"
WCNO=`grep -o "n\|N" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
WCNF=`grep -o "n\|N" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
WCAO=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
WCAF=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`
echo $ORD $PERN
done
done
else
echo ${ORD}"_COMBI_RAW.fa does not exist"
fi
done < ./Data_ORD.txt
私が実行したときに、私は次の出力を得るように、トラブルを与えている:私は、次のbashシェルスクリプトを持っていますbashスクリプト:
command substitution: line 17: syntax error near unexpected token `('
command substitution: line 17: `echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python'
bashに問題がありますか?操作の順序は、私が知る限り、Pythonでかっこで定義されています。
は、あなたがそれをしたくないとき
ありがとうございました!いい説明 – Neuls