Rubyを使用してビッグテキストから複数の繰り返しトリプレットを削除するにはどうすればよいですか？

Question

class RNAtoAA 
    def self.rna_convert(rna) 
    rna.slice!"AUG" 
    end 
end 

「AUG」を削除しようとしましたが（もう2つの繰り返しパターンを削除する必要があります）、希望の結果が得られませんでした。また、私はこれを使用し、更新された文字列を返すようにしたい場合は
を期待通りに動作するようです.gsub("AUG", "UAA")

Answer 1

string = 'AAAAUG' 
RNAtoAA.rna_convert(string) 
puts string 
# AAA 

を試してみました：

class RNAtoAA 
    def self.rna_convert(rna) 
    rna.slice!"AUG" 
    return rna 
    end 
end 

Answer 2

あなたはチャンク内のファイルを読み取る必要がメモリISNように、うんざりした。 この例では、テストファイルを作成し、フィルタされたバージョンのソースとして使用します。 ギガバイトの大きなテストファイルを作成する場合は、テストファイルを作成するために同じことをする必要があります。 ファイルに改行が含まれている場合、これは行を遅延読み込みする方が簡単かもしれませんが、私はそれがないと仮定します。

# create a testfile 
patterns = ["AUG", "UAA", "UAG", "UGA","AAA", "BBB", "CCC"] 
large_string = "" 
1_000_000.times{large_string << patterns.sample} 
File.write("rna.dat", large_string) 

#read the file, remove some patterns and write in a new file 
filtered = ["AUG", "UAA", "UAG", "UGA"] 
File.open("filtered.dat", "w") do |out_file| 
    File.open("rna.dat", "r") do |in_file| 
    while chunk = in_file.read(3) 
     # Read small chunks of 3 bytes to limit memory usage 
     out_file.write chunk unless filtered.include? chunk 
    end 
    end 
end