取り扱いSIGPIPEエラー

Question

次snakemakeスクリプト：ゼロ以外の終了ステータス141はそのsnakemakeが持っていると言っているようだ戻っ

snakemake -s test.snake 

Provided cores: 1 
Rules claiming more threads will be scaled down. 
Job counts: 
    count jobs 
    1 all 
    1 pipe 
    2 

rule pipe: 
    output: test.done 
    jobid: 1 

Error in job pipe while creating output file test.done. 
RuleException: 
CalledProcessError in line 9 of /Users/db291g/Tritume/test.snake: 
Command ' 
     seq 1 10000 | head > test.done 
     ' returned non-zero exit status 141. 
    File "/Users/db291g/Tritume/test.snake", line 9, in __rule_pipe 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run 
Removing output files of failed job pipe since they might be corrupted: 
test.done 
Will exit after finishing currently running jobs. 
Exiting because a job execution failed. Look above for error message 

説明：

rule all: 
    input: 
     'test.done' 

rule pipe: 
    output: 
     'test.done' 
    shell: 
     """ 
     seq 1 10000 | head > test.done 
     """ 

は、次のエラーで失敗しますheadによって送信されたSIGPIPEの失敗を検出しました。厳密に言うと、snakemakeは失敗をキャッチするのに正しいことをしていますが、このようなエラーのいくつかのタイプを無視することが可能かどうかは疑問です。 headコマンドを使用してsnakemakeスクリプトがあり、このエラーを回避する方法を見つけることを試みています。

Answer 1

スクリプトは、実際にはそれが予想される終了コードが含まれていることを確認するために配列変数 ${PIPESTATUS[@]}を照会することができますsuccededかどうかを確認するには

はい、Snakemakeはデフォルトでpipefailを設定します。これは、ほとんどの場合、人々が暗黙のうちに期待するものです。シェルコマンドにset +o pipefail;を先行させることによって、特定のコマンドに対していつでも無効にすることができます。

Answer 2

何らかの形では解決策は、|| trueをスクリプトに追加することです。これにより、コマンドは常に正常に終了しますが、これは受け入れられません。

このスクリプトはokです：：これはOKではありません

seq 1 10000 | head | grep 1 > test.done || true 
echo ${PIPESTATUS[@]} 
141 0 0 

：

seq 1 10000 | head | FOOBAR > test.done || true 
echo ${PIPESTATUS[@]} 
0