配管複数のファイル$変数

Question

に私はオンラインさまざまなスレッドを分類しようとしてきたとのトラブルどのように、後続のコマンドにパイプ出力を決定するが生じています。私は入力を特定の形式にする必要がある独立したプログラムを通して複数のファイルを連結するバッチスクリプト（bash経由）を使用しています。

プログラム内で連結するための標準的なコマンドは次のとおりです。私は以下の最新の試みで、入力ファイルを定義するには、いくつかの方法を試してみた

fslmerge -t $OUTPUT $INPUT1 $INPUT2... $INPUT n 

。

file=$INPUTDIR/sublist.txt 
    while read -r SUBJ; do 

for cond in "med" "nomed"; do 

for n in {01..10}; do 

INPUT="stage2_${SUBJ}_${cond}_00${n}.nii.gz" 

fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz `ls $INPUTDIR/$INPUT` 

done; done; done < $file 

しかし、これは（「標準コマンド」で上述したように）別々にすべての入力でコマンドを実行する対の各入力にコマンドを実行することになる：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject1 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject2 
... 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject10 

EDIT： sublist.txtは次のようにリストされています。それらは、fslmergeを介して連結するために必要な順序で積み重ねられます。

SUB003 
SUB006 
SUB007 
SUB010 
SUB011 
SUB001 
SUB004 
SUB008 
SUB009 

各状態（med、no med）について、各被験者は複数の成分（n）を有する。最終的には、コマンドを実行して、特定の条件とコンポーネントのすべてのサブジェクトを連結する必要があります。例：

fslmerge -t $OUTDIR/stage2_ic0001_med.nii.gz stage2_SUB003_med_0001.nii.gz stage2_SUB006_med_0001.nii.gz stage2_SUB007_med_0001.nii.gz ... stage2_SUB009_med_0001.nii.gz 

私は問題の入力や簡略化の方法に非常に感謝しています。そして、私はコーディングでは比較的新しいので、あらゆる用語の誤りに対して誠実にお詫び申し上げます。私の試みは、おそらくこの世界の中から大げさではないことに気づきます。

Answer 1

私は右理解してる場合は、各指揮/ nの組み合わせのためのコマンドを実行し、すべての科目（sublist.txtに記載されている、すなわちすべての人）のための入力ファイルをマージしたいです。そうですか？もしそうなら、私は何をしたいことは、アレイ内の被験者の店舗すべてで、その後、各被験者の入力ファイルのリストを生成するために、その配列を使用します。

subjectsfile=$INPUTDIR/sublist.txt 
subjects=() 
inputfileprefixes=() 
while read -r subj; do 
    subjects+=("$subj") # this isn't really needed, since we don't use the list directly. 
    inputfileprefixes+=("$INPUTDIR/stage2_$subj") 
done <"$subjectsfile" 

for cond in "med" "nomed"; do 
    for n in {1..20}; do 
     fslmerge -t "$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz" "${inputfileprefixes[@]/%/_${cond}_00${n}.nii.gz}" 
    done 
done 

いくつか少し重い配列の策略は、ここにあります。 "${arrayname[@]/%/something}"のようなものは配列をとり、各要素の最後に「何か」をつけます。つまり、被験者は「アリス」、「ボブ」、「セシル」、INPUTDIRは「/ some/path」です。 subjectsが("alice" "bob" "cecil")に設定され、inputfileprefixesが("/some/path/stage2_alice" "/some/path/stage2_bob" "/some/path/stage2_cecil")に設定され、各cond/nの組み合わせに対して適切な接尾辞が付加され、そのリストがfslmergeに渡されるので、コマンドはfslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic001_med.nii.gz /some/path/stage2_alice_med_001.nii.gz /some/path/stage2_bob_med_001.nii.gz /some/path/stage2_cecil_med_001.nii.gzのようになります。

警告：これは完全にテストされていない、と私は私が質問を右に理解し、完全にはよく分かりません。これを実行する前に重要なことをすべてバックアップしてください。

私は、すべて大文字の変数名を使用することをお勧めします（予約されているものがいくつかありますが、そのうちの1つを誤って使用すると変なことが起こります）。また、それは場合には、変数の値は、スペースや他のシェルのメタ文字が含まれている、（私は"$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz"で行ったように）変数の展開を含め、二重引用符文字列に良い考えです。