Rパッケージがドッカーコンテナにインストールされていることを確認してください。

Question

Rパッケージがドッカーコンテナにインストールされていることを確認するためのベストプラクティスはありますか？私はコンテナをCIサービスで実行するようにセットアップしたいと思いますし、パッケージがインストールされていることを確認していますが、ローカルでビルドしているので、ログはインストールされたパッケージとインストールされていないパッケージを判別するのが非常に難しいようです。 CIサービスを使って私にやってもらったり、単純なバッチスクリプトを使ってパッケージがインストールされていることを確認したりするのもいいでしょう。

FROM rocker/tidyverse:latest 
RUN mkdir -p $HOME/.R 
COPY R/Makevars /root/.R/Makevars 

RUN apt-get update -qq \ 
    && apt-get -y --no-install-recommends install \ 
    liblzma-dev \ 
    libbz2-dev \ 
    ed \ 
    clang \ 
    ccache \ 
    default-jdk \ 
    default-jre \ 
    && R CMD javareconf \ 
    && install2.r --error \ 
     ggstance ggrepel \ 
     rstan shinystan rstanarm \ 
     ###My pkgs 
     tidytext janitor corrr officer devtools pacman 
     tidyquant timetk tibbletime sweep broom prophet \ 
     forecast prophet lime sparklyr rsparkling \ 
     formattable httr rvest xml2 jsonlite \ 
     textclean ggthemes naniar \ 
    && Rscript -e 'devtools::install_github(c("hadley/multidplyr","jeremystan/tidyjson","ropenscilabs/skimr"))' \ 
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds \ 
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* 

Answer 1

がpackage_check.Rのようなものにこれを保存しRscriptを経由して、それを実行しますドッカーラインがあります：

c("tidytext", "janitor", "corrr", "officer", "devtools", "pacman", "tidyquant", 
    "timetk", "tibbletime", "sweep", "broom", "prophet", "forecast", "prophet", 
    "lime", "sparklyr", "rsparkling", "formattable", "httr", "rvest", "xml2", 
    "jsonlite", "textclean", "ggthemes", "naniar") -> chk_pkgs 

suppressPackageStartupMessages(
    sapply(chk_pkgs, require, character.only=TRUE, quietly=FALSE, warn.conflicts=FALSE) 
) -> ret 

missing_pkgs <- sort(names(which(ret == FALSE))) 

if (length(missing_pkgs) > 0) { 
    warning("The following packages are not installed: %s", 
      paste0(sprintf(" - %s", missing_pkgs), collapse="\n")) 
} 

quit(save=FALSE, status=length(names) == 0, runLast = FALSE) 

はあなたに不足しているパッケージのエラーを与える以下

は私の現在のdockerfileです欠落しているリストを削除し、終了ステータスが0以外のスクリプトを終了します。