MPIでのメモリの問題

Question

最初に、私は非常に悪い英語を謝罪します。 私は2dのラプラス方程式を解くためにコード系列とパラレルを書きました。ノードの数はユーザーから受け取ります（私のコードでは、ノードの数はラクタングルではありません）。定義された2次元の行列です。シリーズコードでは、私はノード（1000 <）の多数をインポートすることができますが、私は80ノードだけをインポートすることができます。より大きい数をインポートすると、次のようなエラーが発生します。まず、行列の正常性を定義しました。また、mallocを使用して2次元配列のメモリを割り当てたり割り当てたりすると、任意の数のノードに対して、さらに80未満）。

[handicraft-ThinkPad:03040] *** Process received signal *** 
[handicraft-ThinkPad:03040] Signal: Segmentation fault (11) 
[handicraft-ThinkPad:03040] Signal code: Address not mapped (1) 
[handicraft-ThinkPad:03040] Failing at address: 0x1f4 
[handicraft-ThinkPad:03040] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390)[0x7fd1a1728390] 
[handicraft-ThinkPad:03040] [ 1] l[0x4010e0] 
[handicraft-ThinkPad:03040] [ 2] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0)[0x7fd1a136e830] 
[handicraft-ThinkPad:03040] [ 3] l[0x400b29] 
[handicraft-ThinkPad:03040] *** End of error message *** 
-------------------------------------------------------------------------- 
mpirun noticed that process rank 0 with PID 3040 on node handicraft-ThinkPad exited on signal 11 (Segmentation fault). 

どのように問題がありますか？直列コードのようにノードの大量のノードを並列コードでどうやってインポートできますか？ 私のコードはここにある： - 一致しない

#include <math.h> 
#include <mpi.h> 
#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
float **floatalloc2d(int n, int m); 
int main() 

{ 
    int rank,size; 
    double start_t,end_t; 
    MPI_Init (NULL,NULL); 
    MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &rank); 
MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &size); 
float k,b_left,b_right,b_up,b_down; 
int l_type,u_type,r_type,d_type,i,j,n,flag; 

//scan data from user 
if (rank==0) 
{ 

    printf("Enter number of node: \n"); 
    scanf("%d",&n); 
    printf("Enter the k factor: \n"); 
    scanf("%f",&k); 
    printf("Enter type of left boundary conditions: 0 for dirichlet and 1 for Neumann \n"); 
    scanf("%d",&l_type); 
    printf("Enter left boundary conditions:\n"); 
    scanf("%f",&b_left); 
} 
//calculate the time 
start_t=MPI_Wtime(); 
MPI_Bcast(&n,1,MPI_INT,0,MPI_COMM_WORLD); 
MPI_Bcast(&k,1,MPI_FLOAT,0,MPI_COMM_WORLD); 

int cond=0,dx=1,dy=1,step=n/size,snd_num=step*n,rcv_num=step*n; 

//float t1[n][n],t2[n][n],t3[step][n],t4[step][n]; 
float error; 
float** t1 = floatalloc2d(n, n); 
float** t2 = floatalloc2d(n, n); 
float** t3 = floatalloc2d(step, n); 
float** t4 = floatalloc2d(step, n); 
//comput with guass-sidel 
for (int z=0;z<1000;z++) 
{ 
    //send data to all process 
    MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    MPI_Scatter(t1,snd_num,MPI_FLOAT,t3,rcv_num,MPI_FLOAT,0,MPI_COMM_WORLD); 
    //comput in each process 
    for (i=1;i<(step-1);i++) 
    { 
     for (j=1;j<(n-1);j++) 
     { 
      t4[i][j]=0.25*(t3[i-1][j]+t3[i+1][j]+t3[i][j-1]+t3[i][j+1]); 
      error=fabs(t4[i][j]-t3[i][j]); 
      t3[i][j]=t4[i][j]; 
      //cout<<i<<","<<j<<": "; 
      //cout<<"error= "<<error<<"\n"; 
     } 
    } 
    //collect data from all process 
    MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    MPI_Gather(&t3,snd_num,MPI_FLOAT,&t1,rcv_num,MPI_FLOAT,0,MPI_COMM_WORLD); 
    //review 
} 
end_t=MPI_Wtime(); 
MPI_Finalize(); 
} 
float **floatalloc2d(int n, int m) { 
float *data = (float *)malloc(n*m*sizeof(float)); 
float **array = (float **)malloc(n*sizeof(float *)); 
for (int i=0; i<n; i++) 
    array[i] = &(data[i*m]); 

return array; 
} 

あなたは行列の要素を分散しようとしているが、t1は、ポインタの配列だけで、あなたの答え

Answer 1

のためにありがとうございました。行列には連続したデータ構造を使用する必要があります。これを行う方法の例はthis answer次式で与えられます。

float **floatalloc2d(int n, int m) { 
    float *data = (float *)malloc(n*m*sizeof(float)); 
    float **array = (float **)calloc(n*sizeof(float *)); 
    for (int i=0; i<n; i++) 
     array[i] = &(data[i*m]); 

    return array; 
} 

float floatfree2d(float **array) { 
    free(array[0]); 
    free(array); 
    return; 
} 

float** t1 = floatalloc2d(n, n); 

... 

MPI_Scatter(t1[0],snd_num,MPI_FLOAT,t3[0],rcv_num,MPI_FLOAT,0,MPI_COMM_WORLD);