非常に大きな整数のcsvファイルを効率的に反復処理する方法はありますか？

Question

入力1：整数の長いリストを含む.csvファイル。例：

1 
10 
23 
2450 
12 
560 
320 
705 
... 

入力2：整数のリストを.csvファイル、およびそれぞれの整数の次の空白位置

5 - 
12 - 
15 - 
13 - 
350 - 

出力：入力、入力1からの整数のカウントを探します2の整数は.csvファイルに等しいかそれ以上であり、数値を.csvファイルに追加します。

これはDNAシーケンシングを伴うことであり、入力1には100万を超えるデータエントリがあります。この問題にアプローチする効率的な方法は何でしょうか？

私の考えは、入力1のすべてのエントリを1つの大きな配列に読み込んでソートすることでしたが、これは非効率的で多くのメモリが必要です。どんな指針も大変ありがとうございます。

編集：

出力（入力2と同じファイル）：

int型、値で、ソートマップに第二のファイルから数字を入れ

5 1 
12 3 
15 3 
13 3 
350 5 

Answer 1

を数えますゼロ：

TreeMap<Integer, Integer> counts = new TreeMap<>(); 
for (Integer i : fromFile2) { 
    counts.put(i, 0); 
} 

次に、最初のファイルからの広告、その数までカウント増分：この第二のループは、ファイル全体をメモリに読み込むためにあなたを必要としないこと

for (Integer i : fromFile1) { 
    counts.headMap(i).replaceAll((k, v) -> v + 1); 
} 

注意：あなたはちょうどそれらを一つずつ読むことができます。

また、headMap(i)は、キーが完全にi未満のエントリを返します。 i < Integer.MAX_VALUEと仮定すると、その値に1を加えるだけです。