2017-10-30 405 views
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私はしばらくの間、特定のpythonスクリプトを実行しています。このスクリプトは、これまで何ヶ月も完璧に(Jupyterを含む)実行されていました。さて、どういうわけか、私のシステムの中で、次のエラーメッセージをコードの特定の行(以下に述べるコードの最後の行)に表示し始めました。コードのすべての部分は、コードの最後の行を除いて正常に実行されます(ここでは、ペアカウントを行うためのユーザー定義関数を呼び出します)。ユーザー定義関数(correlation.polepyは)これは私が取得していますエラーメッセージですhttps://github.com/OMGitsHongyu/N-body-analysisJupyter |カーネルが死亡したようです。自動的に再起動します。

から見つけることができます:

Kernel Restarting 
The kernel appears to have died. It will restart automatically. 

そして、ここでは私のPythonコードのスケルトンです:

from __future__ import division 
import numpy as np 
import correlation 
from scipy.spatial import cKDTree 

File1 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname1.txt') 
File2 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname2.txt') 

masscut = 1.1*np.power(10,13) 
mark1 = (np.where(File1[:,0]>masscut))[0] 
mark2 = (np.where(File2[:,0]>masscut))[0] 

Data1 = File1[mark1,1:8] 
Data2 = File2[mark2,1:8] 

Xi_masscut = correlation.polepy(p1=Data1, p2=Data2, rlim=150, nbins=150, nhocells=100, blen=1024, dis_f=100) 

IPythonを使用しようとすると、同様の問題が発生します(コードの最後の行)。私がPython(端末で実装する)を使用しようとすると、 "セグメンテーションフォールト:11"というエラーメッセージが表示されます(最後の行)。私はPython 2.7.13 :: Anaconda 2.5.0(x86_64)を使用しています。

私は解決策のための検索では、すでに次の方法を試してみました:>

1.私は、この問題を頼まれましたstackoverflowの上、前のリンクのいくつかのチェックを:私が試したThe kernel appears to have died. It will restart automatically

を上記のリンクに記載されている解決策。悲しいことに、私の場合はうまくいかないようです。これは、上記のリンクで言及したソリューションです。

>
conda update mkl 

2.システムのメモリが不足している場合だけでチェックするために、私は、メモリ上に重いされているすべてのアプリケーションを閉じました。私のシステムは16GBの物理メモリを持っています.9GB以上の空きメモリがあっても、この問題は起きていませんでした(この問題は他のタスクで14GBを使用していても2GB未満でした。。 https://alpine.atlassian.net/wiki/plugins/servlet/mobile?contentId=134545485#content/view/134545485

:メモリのそれは私が前に与えられた入力でタスクを実行することができることを非常に驚くべきことだと私は今、まったく同じ入力で計算を複製することはできませんよ)

3>私は別のリンクを見て

これは同様の問題に取り組むように見え、のために十分なメモリがでないことについて語っています。私はそこに述べられている提案をどのように実装するかについて疑問を抱いていました。

この問題が最初にどのように発生したかはわかりません。この問題をどうやって解決するのですか?どんな助けでも大歓迎です。

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実行しようとしているコードを投稿できますか?あなたが[Minimal、Complete、and Verifiable example](https://stackoverflow.com/help/mcve)を投稿できるなら、特に役に立ちます。 –

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@LouiseDavies返信ありがとうございます。私は自分のコードのスケルトンを掲示し、トラブルシューティングのために取った手順を述べました。悲しいことに、私が試すことができるステップのどれもこれまで私のために働いていませんでした。私はどんな助けにも非常に感謝します。 – SiddTheKid

答えて

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私はnumpyの前にsklearn PCAをインポートするとき、この問題が起こる(確認シーケンスで問題が解決されます逆にしない)

しかし、その後、私はnumpyのとMKLを再インストールすることで問題を解決: conda install numpyconda install -c intel mkl

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