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人間の参照ゲノムを編集しようとしていますが、これは約5Gbのテキストファイルです。問題は、変更を加えるためにvimやgeditで開こうとすると、システムがフリーズすることです。メモリ/ CPU要件の変更を行う方法はありますか?大きなテキストファイルを編集する方法
人間の参照ゲノムを編集しようとしていますが、これは約5Gbのテキストファイルです。問題は、変更を加えるためにvimやgeditで開こうとすると、システムがフリーズすることです。メモリ/ CPU要件の変更を行う方法はありますか?大きなテキストファイルを編集する方法
私は次のようにあまりにも多くのCPU /メモリを占有せずにうまく動作するように取得することができたのコメント:
sed -i 's/stringa/stringb/g' file.txt
ここにいくつかの有用なヒント:http://stackoverflow.com/questions/908575/how-to-edit-multi-gigabyte-text-files-vim-doesnt-work –
5GBファイルは何があっても5GBのメモリを消費します。あなたが編集する必要があるものがあらかじめ分かっているなら、sedのようなツールを使って、より良い結果が得られるはずです。 – romainl
@romaini実際にはこれは素晴らしく機能しています。私はちょうど 'sed -i 's/stringa/stringb/g' file.txt'を使用しています –