コマンドbashターミナルでRを使用する

Question

特定のディレクトリにファイル* .txtがあります。私は SampleStatus.rと呼ばれるファイルコードを書いています。このコードには、データを読み込み、データを処理し、結果を出力ファイルに書き込むユニークな関数が含まれています。

format_windpro(import_file="in.txt", export_file="out.txt") 

私が読んで、私のRファイルを使用して1つのコマンドですべてのファイルを計算するためにbashのコマンドを使用したいと思います：

機能は次のようです。

Answer 1

Rscriptを使用してください。コード例：

for f in ${INPUT_DIR}/*.txt; do \ 
    base=$(basename $f) \ 
    Rscript SampleStatus.R $f ${OUTPUT_DIR}/$base \ 
done 

ごSampleStatus.Rあなたは、このようなコマンドライン引数扱いにしながら：

#!/usr/bin/env Rscript 

# ... 

argv <- commandArgs(T) 

# error checking... 

import_file <- argv[1] 
export_file <- argv[2] 

# your function call 
format_windpro(import_file, export_file)