R：ネストされたforループからベクターを作成する

Question

私は、マトリックス中の遺伝子の「ヒットリスト」を持っています。各行はヒットし、フォーマットは「染色体（文字）開始（数字）停止（数字）」です。これらのヒットのどれが、「染色体開始停止遺伝子」というフォーマットのマトリックスである、フライゲノムの遺伝子と重複しているのかを見たいと思う。0126私はプリント（）を置き換える場合しかし、

geneListBuild <- function(dmelGenome='', hitList='', binSize='', saveGeneList='') 

{ 
genomeColumns <- c('chr', 'start', 'stop', 'gene') 
genome <- read.table(dmelGenome, header=FALSE, col.names = genomeColumns) 

chr <- genome[,1] 
startAdjust <- genome[,2] - binSize 
stopAdjust <- genome[,3] + binSize 
gene <- genome[,4] 

genome <- data.frame(chr, startAdjust, stopAdjust, gene) 

hits <- read.table(hitList, header=TRUE) 

chrHits <- hits[hits$chr == "chr3R",] 
chrGenome <- genome[genome$chr == "chr3R",] 

genes <- c() 

for(i in 1:length(chrHits[,1])) 
{ 
    for(j in 1:length(chrGenome[,1])) 
    { 
     if(chrHits[i,2] >= chrGenome[j,2] && chrHits[i,3] <= chrGenome[j,3]) 
     { 
      print(chrGenome[j,4]) 
     } 
    } 
} 

genes <- unique(genes[is.finite(genes)]) 

print(genes) 

fileConn<-file(saveGeneList) 
write(genes, fileConn) 
close(fileConn) 

} 

：

genes[j] <- chrGenome[j,4] 

RはchrGenome [1]に存在するいくつかの値を有するベクトルを返す）dmelGenomeました。これらの値がどのように選択されるかわからないのは、ifステートメントを満たす行にないためです。インデックス作成の問題だと思いますか？

また、これを実行するより効率的な方法があると確信しています。私はRが新しく、コードはあまり効率的ではありません。

これは、「ネストされたループの結果をRの別のベクトルに書き込む」と似ていますが、そのスレッドの情報で修正できませんでした。

ありがとうございました。

Answer 1

私は内部ループを置き換えることができ信じている：

gene.in <- ifelse(chrHits[i,2] >= chrGenome[,2] & chrHits[i,3] <= chrGenome[,3], 
    TRUE, FALSE) 

次にあなたが欲しいものを選択するために、その論理ベクトルを使用することができます。 Doing

which(gene.in) 

このような場合もあります。