geom_smoothがggplotに表示されない

Question

私はいくつかの粘性実験に取り組んでおり、ν対θのアイリングプロットを作ろうとしています。 ggplot2でプロットを作成すると、モデルが表示されません。

これらは、使用している値であり：

ここ

> theta 
[1] 25 30 35 40 45 
> nu 
[1] 1.448462 1.362730 1.255161 1.167408 1.083005 

私は上記の私の値でプロットを作成します。

plot <- 
    ggplot()+ 
    geom_point(mapping = aes(theta, nu), colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+ 
    theme_bw()+ 
    labs(
    x = expression(paste(theta, " ", "[°C]")), 
    y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+ 
    ylim(0, 10)+ 
    xlim(0, 100) 

That's what the plot looks like.

さて、私はgeom_smooth()

と私のモデルを追加します

plot + 
    geom_smooth(
    method = "nls", 
    method.args = list(formula = nu~a*exp(b/theta), 
         start=list(a=1, b=0.1))) 

しかし、何も起こりません...エラーメッセージでも、プロットはまったく同じように見えます。

誰もが私は間違いを見つけることができます私もgeom_smooth()引数と開始値だけでなく、

plot + 
    geom_smooth(
    method = "nls", 
    formula = nu~a*exp(b/theta), 
    start=list(a=1, b=0.1)) 

直接formulaを入れてみましたが、その後、私は

Error:Unknown parameter: start

を取得作る？

ありがとうございます！

EDIT

乾杯美学マッピングを分離し、

plot <- 
    ggplot()+ 
    aes(theta, nu)+ 
    geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+ 
    theme_bw()+ 
    labs(
    x = expression(paste(theta, " ", "[°C]")), 
    y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+ 
    ylim(0, 10)+ 
    xlim(0, 100) 

私は次のエラーを取得する（まだ何も変わりません）：

警告メッセージ：

を

1: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf 2: In max(x) : no non-missing arguments to min; returning -Inf 3: Computation failed in stat_smooth(): $ operator is invalid for atomic vectors

Answer 1

あなたはコメントで指摘されたそれらの多くが起こっていくつかのことを、持っています。

あなたがグローバルggplot内または各geom内のいずれかの美学をggplotためdata.frameであなたの変数を入れて、あなたを定義したら、上に行く主なものはgeom_smoothの数式を使用して、yとxの代わりに参照するために期待していることです変数名。 geom_smoothは、yとxにマッピングした変数をaesに使用します。

その他の問題は、hereです。predict.nlsから標準エラーが得られないので、geom_smoothにse = FALSEを使用する必要があります。ここで

は、あなたのgeom_smoothコードがどのように見えるかです：

geom_smooth(method = "nls", se = FALSE, 
       method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1))) 

そしてここで、完全なコードおよびプロットです。

ggplot(df, aes(theta, nu))+ 
    geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+ 
    geom_smooth(method = "nls", se = FALSE, 
       method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1))) + 
    theme_bw()+ 
    labs(
     x = expression(paste(theta, " ", "[°C]")), 
     y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+ 
    ylim(0, 10) + 
    xlim(0, 100) 

あなたはデフォルトの代わりにfullrange = TRUEを使用しない限りgeom_smoothは、データセットの範囲外に合わないことに注意してください。あなたが5つのデータポイントしか持っていなければ、これはかなり疑わしいかもしれません。

ggplot(df, aes(theta, nu))+ 
    geom_point(colour = "#0072bd", size = 4, shape = 16)+ 
    geom_smooth(method = "nls", se = FALSE, fullrange = TRUE, 
       method.args = list(formula = y~a*exp(b/x), start=list(a=1, b=0.1))) + 
    theme_bw()+ 
    labs(
     x = expression(paste(theta, " ", "[°C]")), 
     y = expression(paste("ln(", nu, ")", " ", "[mPa*s]")))+ 
    ylim(0, 10) + 
    xlim(0, 100) 

Answer 2

@lukeAがこのコメントを書いたので、この回答を書いたばかりです。

df<- data.frame(theta = c(25, 30, 35, 40, 45), 
       nu = c(1.448462, 1.362730, 1.255161, 1.167408, 1.083005)) 

myModel <- nls(nu~a*exp(b/theta), data=df, start=list(a=1, b=0.1)) 

myPredict <- expand.grid(theta = seq(5, 100, by =0.1)) 
    #expand.grid here in case your model has more than one variable 
    #Caution, extrapolating well beyond the data 
myPredict$fit <- predict(myModel, newdata= myPredict) 


plot + geom_line(data = myPredict, aes(x= theta, y= fit))