Rスクリプトをグリッドにバッチ形式で提出する

Question

グリッドにRジョブを提出したいと考えました。私は

print('here') 
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r') 
mgsalooprand($SGE_TASK_ID,382) 

を書かれているcallmgsa.rファイルでMGSA_rand.r にメインRコードを保存していると私は$SGE_TASK_ID)

R CMD BATCH --no-save callmgsa.r 

にcorrseponding値を送信 -tパラメータを持つジョブを（呼び出すためにファイル Rscript.shを使用します

私はこのようなジョブを発行：

qsub -t 1 -cwd -b y -l vf=1000m /home/users/pegah/Rscript.sh 

私はエラーも出力も得られません。私がそれを提出するのと同じように仕事は終了し、出力はありません。手伝っていただけませんか？
ありがとう、ペガ

Answer 1

変数$SGE_TASK_IDはシェルスクリプト変数です。 Rで同じ構文で呼び出すことはできません。あなたができることは代わりにRscriptを使用することです。あなたが呼び出すシェルスクリプトから：

Rscript callmgsa.r $SGE_TASK_ID 

Rスクリプトであなたのようなコマンドライン引数キャッチすることができます：これは動作するはず

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
print('here') 
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r') 
mgsalooprand(args[1],382) 

を...