最後のコード行にSegフォルトがあります

Question

私は単純な分子動力学プログラムを実装したいと考えています。私の最初のステップは、タイプ、id番号、3次元位置ベクトル、3次元速度ベクトルを持つ一連の原子としてシステムを定義することです。以下は、私がそうすることを書いたプログラムは次のとおりです。ここで

FILE *init; 

static int randomVelocity(void) 
{ 
    return rand()/RAND_MAX - 0.5; 
} 


int main(int argc, char *argv[]) 
{ 

    int iType; 
    int iID; 
    int i; 
    double* pdPosition; 
    double* pdVelocity; 
    char* line; 
    Atom* poAtoms; 
    int count = 0; 

    init = fopen("newdat.txt", "r+"); 
    srand((unsigned)time(NULL)); 
    line = malloc(81*sizeof(char)); 
    while (fgets(line, 80, init) != NULL)  
    { 
     char* tok1; 
     char* tok2; 
     char* tok3; 
     char* tok4; 
     tok1 = strtok(line, " \t"); 
     if ((tok1 == NULL) || (tok1[0] == '*')) 
     { 
       break; 
     } 
     tok2 = strtok(NULL, " \t"); 
     tok3 = strtok(NULL, " \t"); 
     tok4 = strtok(NULL, " \t"); 
     iType = atoi(tok1); 
     iID = count; 
     pdPosition = (double*)malloc(3*sizeof(double)); 
     pdVelocity = (double*)malloc(3*sizeof(double));  
     pdPosition[0] = atof(tok2); 
     pdPosition[1] = atof(tok3); 
     pdPosition[2] = atof(tok4); 
     pdVelocity[0] = randomVelocity(); 
     pdVelocity[1] = randomVelocity();  
     pdVelocity[2] = randomVelocity(); 
     poAtoms[count] = Atom_new(iType, iID, pdPosition, pdVelocity); 
     count++; 
    } 

    for (i = 0; i < count; i++) 
    { 
     Atom_print(poAtoms[i]); 
     Atom_free(poAtoms[i]); 
    } 

    free(line); 
    return 0; 
} 

は、ヘッダファイルatom.hです：

/**** atom.h ****/ 


typedef struct Atom_str *Atom; 

Atom Atom_new(int iType, int iID, double* adPosition, double* adVelocity); 

void Atom_free(Atom oAtom); 

void Atom_print(Atom oAtom); 

とテスト入力ファイル：

1 5 7 9 
2 12 13 14 

プログラム私はそれを実行すると、期待される出力がsegフォールトに続く。私はGDBデバッガを使用していますが、segフォルトはreturn文の後の最後のコード行で発生するようです。それはメモリ管理の問題ですか？

Answer 1

あなたはpoAtomsため決してmalloc EDメモリをしました。初期化されていないポインタポイントがどこにあっても、segfaultが簡単に発生する可能性があります。

ファイルを読み始める前に、あなたには、いくつかのスペースを割り当てる必要があり、

unsigned expected_count = 2; // for the test input file, would be much larger in real runs 
poAtoms = malloc(expected_count*sizeof(*poAtoms)); 

そして、あなたが割り当てられたメモリを過ぎて書いていないことを読んで、ループ内でチェックする必要があります。

poAtoms[count] = Atom_new(iType, iID, pdPosition, pdVelocity); 

前に、poAtomsのために割り当てられたスペースが既に使用されている場合、それが失敗した場合、reallocとより取得しようと、

if (expected_count <= count) 
    { 
     expected_count *= 2; // double the space, could also be a smaller growth factor 
     Atom *temp = realloc(poAtoms, expected_count*sizeof(*poAtoms)); 
     if (temp == NULL) 
     { 
      perror("Reallocation failed, exiting\n"); 
      exit(EXIT_FAILURE); 
     } 
     poAtoms = temp; 
    } 

をチェックを入れ、あなたがそれを修正する方法を知っている場合を除き中止。再割り当てが成功すれば、新しい原子の収集を続けることができます。

Answer 2

if条件ではtok1 [0]とは何ですか？あなたはtok1 [[0]を印刷しようとしたときに返されるかチェックされるstrtokの小さなコードスニペットを調べましたか？

Answer 3

入力ファイルに1 5 7 9が何を表すのか説明できますか？ i型のidと速度です。 もしそうなら、それらをハイフンで操作し区別し、各値をstrtokでNULLとして抽出することができます。また、fgetsがNULLを追加しているかどうかを確認するか、おそらくEnd of lineの場合はチェックインしようとしているかもしれません。私はそれはあなたが間違っている場所であることを伐採腸を持っている、またはあなたが嘆願は、あなたの入力ファイルを説明できるかどうかは問題の