ggplotのエラー

Question

ggplotを作成しようとしています。私が美学で形をしていたとき、コードはうまく動いていました。しかし、私はfigureを再現しようとしているので、geom_point（）にシェイプを入れる必要があります。私は他の答えを見てきた

形状：

美学は、いずれかの長さ1またはデータが（6）と同じでなければなりません：私は）（geom_pointする形状を追加したとき、それは私に次のエラーが発生しましたここにあるが明らかに、何も私のために働いているようだ。上記の私は私のデータがどのように見えるかのイメージを提供しました。 17000のエントリがあります。あなたのコードとどのようにggplotが非標準な評価を処理し、私はggplotチュートリアルやドキュメントを読んでお勧めしたいと間違っていくつかのことがあります

summarised_data <-ddply(mammals,c('mammals$chr','mammals$Species','mammals$chrMark'), 
function (x) c(median_rpkm = median(x$RPKM), median = median(x$dNdS))) 

ggplot(summarised_data,aes(x = summarised_data$median_rpkm, y = summarised_data$median, 
color = summarised_data$`mammals$Species`)) + geom_smooth(se = FALSE, method = "lm") + 
geom_point(shape = summarised_data$`mammals$chrMark`) + xlab("median RPKM") + ylab("dNdS") 

    "ENSG00000213221", "ENSG00000213341", "ENSG00000213380", "ENSG00000213424", 
    "ENSG00000213533", "ENSG00000213551", "ENSG00000213619", "ENSG00000213626", 
    "ENSG00000213699", "ENSG00000213782", "ENSG00000213949", "ENSG00000214013", 
    "ENSG00000214338", "ENSG00000214357", "ENSG00000214367", "ENSG00000214517", 
    "ENSG00000214814", "ENSG00000215203", "ENSG00000215305",  "ENSG00000215367", 
    "ENSG00000215440", "ENSG00000215897", "ENSG00000221947", "ENSG00000222011", 
    "ENSG00000224051", "ENSG00000225830", "ENSG00000225921", "ENSG00000239305", 
    "ENSG00000239474", "ENSG00000239900", "ENSG00000241058", "ENSG00000242247", 
    "ENSG00000242612", "ENSG00000243646", "ENSG00000244038", "ENSG00000244045"), 
    class = "factor"), Species = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Chimp", "Gori", "Human", "Maca", 
    "Mouse", "Oran"), class = "factor"), labs = structure(c(2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Chimp-A", "Chimp-X", 
    "Gori-A", "Gori-X", "Human-A", "Human-X", "Maca-A", "Maca-X", 
    "Mouse-A", "Mouse-X", "Oran-A", "Oran-X"), class = "factor"), 
    chrMark = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
     2L), .Label = c("A", "X"), class = "factor"), chr = structure(c(27L, 
     27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 27L, 27L), .Label = c("1", 
     "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", 
     "2", "20", "21", "22", "2a", "2A", "2b", "2B", "3", "4", 
     "5", "6", "7", "8", "9", "X"), class = "factor"), dN = c(3.00669, 
     3.27182, 7.02044, 1.01784, 3.0363, 2.32786, 4.92959, 3.03753, 
     3.0776, 1.02147), dS = c(3.15631, 5.87147, 3.13716, 2.05438, 
     4.10205, 5.24764, 4.2014, 3.18086, 5.4942, 3.02169), dNdS = c(0.9525965447, 
    0.5572403504, 2.2378329444, 0.4954487485, 0.7401908802, 0.4436013141, 
1.1733207978, 0.954939859, 0.5601543446, 0.3380459279), RPKM = c(31.6, 
13.9, 26.3, 9.02, 11.3, 137, 242, 1.05, 59.4, 10.1), Tau = c(0.7113820598, 
0.8391023102, 0.3185943152, 0.6887167806, 0.9120531859, 0.6254200542, 
0.7165302682, 0.7257435312, 0.2586613298, 0.6493567251), 
GC3 = c(0.615502, 0.622543, 0.393064, 0.490141, 0.461592, 
0.626407, 0.490305, 0.482853, 0.346424, 0.466484)), .Names = c("gene", 
"Species", "labs", "chrMark", "chr", "dN", "dS", "dNdS", "RPKM", 
    "Tau", "GC3"), row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame") 

Answer 1

：

以下は私のコードです。 と呼ばれる列が'mammals$species'と'mammals$chrMark'と呼ばれると、多くの問題が発生します。

我々は、より賢明なものにこれらを変更した場合は...

names(summarised_data)[names(summarised_data) == "mammals$species"] <- "mammals_species" 
names(summarised_data)[names(summarised_data) == "mammals$chrMark"] <- "mammals_chrMark" 

我々はggplotコードをより使いやすくすることができます。あなたのデータにマップするので、形状はaesの範囲内になければならないことに注意してください。

うまくいけば、これはうまくいくはずです。