マトリックスを用いたGlobaltest Pathway解析

Question

私はSAGEカウントデータを有するマトリックスを有しており、経路濃縮を試験するために試験を行いたい。したがって、私は私のデータは、このようになりますR.でglobaltestを使用したい：

    KI_1 KI_2 KI_4 KI_5 KI_6 WT_1 WT_2 WT_3 WT_4 WT_6 
ENSMUSG00000002012 215 141 102 127 138 162 164 114 188 123 
ENSMUSG00000028182 13 5 13 12 8 10 7 13 7 14 
ENSMUSG00000002017 111 72 70 170 52 87 117 77 226 122 
ENSMUSG00000028184 547 312 162 226 280 501 603 407 355 268 
ENSMUSG00000002015 1712 1464 825 1038 1189 1991 1950 1457 1240 883 
ENSMUSG00000028180 1129 944 766 869 737 1223 1254 865 871 844 

DATA_FILE

rownamesをEnsemblの遺伝子IDと各列はサンプルを表す含まれています。これらのサンプルは、試験経路の濃縮のための2つのグループに分けることができます。KI1とWT2グループ

groups <- c("KI1","KI1","KI1","KI1","KI1","WT2","WT2","WT2","WT2","WT2") 

私はパスウェイ解析を行うための機能gtKEGGを見つけましたが、私の質問はどのように？

> gtKEGG(groups, t(data_file), annotation="org.Mm.eg.db") 
    holm              alias p-value Statistic Expected Std.dev #Cov 
00380 NA          Tryptophan metabolism  NA  NA  NA  NA 0 
01100 NA           Metabolic pathways  NA  NA  NA  NA 0 
02010 NA           ABC transporters  NA  NA  NA  NA 0 
04975 NA        Fat digestion and absorption  NA  NA  NA  NA 0 
04142 NA             Lysosome  NA  NA  NA  NA 0 
04012 NA          ErbB signaling pathway  NA  NA  NA  NA 0 
04110 NA             Cell cycle  NA  NA  NA  NA 0 
04360 NA            Axon guidance  NA  NA  NA  NA 0 

誰もがこの質問で私を助けることができます：私は、関数を実行すると、私はすべてのエラーを作成しませんが、私の出力ファイルは、このようなものですので、？ありがとう！ :)

Answer 1

私は解決策を見つけました！

library(globaltest) 
library(org.Mm.eg.db) 

eg <- as.list(org.Mm.egENSEMBL2EG) 
KEGG<-gtKEGG(as.factor(groups), t(data_file), probe2entrez= eg, annotation="org.Mm.eg.db")