2
私はこの問題を何時間も手伝ってきましたが、私はついに再現性があると思います。ファイルを編集するときにRstudioのセッションがハングアップする
新しいRstudioセッションを開始すると、問題なく動作します。私はオブジェクトを読み込んでコードをうまく実行することさえできます。
問題は、現在のファイルを編集するときに発生します。ファイルを編集するとすぐにコマンドを実行することができなくなり、topでCPU使用率を調べると、rsessionは100％CPUを使用しており、停止することはありません。この間、私はファイルを編集し続けることができ、RstudioのGUIは正常に動作するように見えますが、コードの実行は固定されています。私もその時点でファイルを保存することはできません。
EDIT：編集しようとしているドキュメントタイプは、.Rmdマークダウンドキュメントです。私は非マークダウンのRスクリプトで同じコードを実行しようとしましたが、うまくいきました。この問題は、何とかマークダウンに関連している必要があります。
EDIT2：^^ nevermindは、.Rmdファイルではなくても問題は残りません。スクリプトを通常の.Rスクリプトとして保存した後、rsessionが再度ハングしました。
EDIT3：最近更新されたRバージョン、Rstudioバージョン、またはシステムライブラリによって引き起こされた可能性があることを忘れてしまいました。昨日、私はこのスクリプトをRstudioで問題なく編集できました。今週はRstudioを更新しましたが、数日後までこの問題は見られませんでした。まもなく私のシステムを更新し、おそらくRバージョンも更新しました。私はこれが現在の問題をどのように引き起こしているのかを理解するのに苦労しています。
EDIT4：エラーの原因となったコードが見つかりました。
エラー（ファイルを編集した後に）発生rsessionのバックトレース
Thread 1 "rsession" received signal SIGTERM, Terminated.
0x00007fbd0cb5ab38 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
(gdb) backtrace
#0 0x00007fbd0cb5ab38 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#1 0x00007fbd0cb71196 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#2 0x00007fbd0cb72499 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#3 0x00007fbd0cb6ae8c in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#4 0x00007fbd0cb6b3b9 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#5 0x00007fbd0cb6b878 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#6 0x00007fbd0cb6132d in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#7 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#8 0x00007fbd0cb6b3b9 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#9 0x00007fbd0cb6b878 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#10 0x00007fbd0cb6132d in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#11 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#12 0x00007fbd0cb6b3b9 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#13 0x00007fbd0cb6b878 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#14 0x00007fbd0cb6132d in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#15 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#16 0x00007fbd0cb6b3b9 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#17 0x00007fbd0cb6b878 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#18 0x00007fbd0cb6132d in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#19 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#20 0x00007fbd0cb6b3b9 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#21 0x00007fbd0cb6b878 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#22 0x00007fbd0cb6132d in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#23 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#24 0x00007fbd0cb6ceaf in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#25 0x00007fbd0cb623c0 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#26 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#27 0x00007fbd0cb6ceaf in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#28 0x00007fbd0cb623c0 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#29 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#30 0x00007fbd0cb6ceaf in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#31 0x00007fbd0cb623c0 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#32 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#33 0x00007fbd0cb6ceaf in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#34 0x00007fbd0cb623c0 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#35 0x00007fbd0cb6aa88 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#36 0x00007fbd0cb6ceaf in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#37 0x00007fbd0cb6ac56 in Rf_eval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#38 0x00007fbd0cb1a58e in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
---Type <return> to continue, or q <return> to quit---
#39 0x00007fbd0cb1bac1 in R_ToplevelExec() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#40 0x00007fbd0cb1bb09 in R_tryEval() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#41 0x0000000000de4189 in rstudio::r::exec::(anonymous namespace)::evaluateExpressionsUnsafe(SEXPREC*, SEXPREC*, SEXPREC**, rstudio::r::sexp::Protect*, rstudio::r::exec::(anonymous namespace)::EvalType) [clone .constprop.57]()
#42 0x0000000000de5d55 in rstudio::r::exec::evaluateString(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, SEXPREC**, rstudio::r::sexp::Protect*)()
#43 0x000000000070c85f in rstudio::session::modules::rparser::(anonymous namespace)::resolveObjectAssociatedWithCall(rstudio::core::r_util::token_cursor::RTokenCursor, rstudio::r::sexp::Protect*, bool, bool*) [clone .constprop.1377]()
#44 0x000000000070e3f7 in rstudio::session::modules::rparser::(anonymous namespace)::mightPerformNonstandardEvaluation(rstudio::core::r_util::token_cursor::RTokenCursor const&, rstudio::session::modules::rparser::ParseStatus&)()
#45 0x0000000000997dd2 in rstudio::session::modules::rparser::doParse(rstudio::core::r_util::token_cursor::RTokenCursor&, rstudio::session::modules::rparser::ParseStatus&)()
#46 0x000000000099a320 in rstudio::session::modules::rparser::parse(rstudio::core::FilePath const&, std::__cxx11::basic_string<wchar_t, std::char_traits<wchar_t>, std::allocator<wchar_t> > const&, rstudio::session::modules::rparser::ParseOptions const&)()
#47 0x00000000008a9e65 in rstudio::session::modules::diagnostics::parse(std::__cxx11::basic_string<wchar_t, std::char_traits<wchar_t>, std::allocator<wchar_t> > const&, rstudio::core::FilePath const&, std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, bool)()
#48 0x00000000008adf66 in rstudio::session::modules::diagnostics::(anonymous namespace)::lintRSourceDocument(rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*)()
#49 0x0000000000783a0f in rstudio_boost::detail::function::function_invoker2<rstudio::core::Error (*)(rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*), rstudio::core::Error, rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*>::invoke(rstudio_boost::detail::function::function_buffer&, rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*)()
#50 0x0000000000c5f898 in rstudio::core::json::(anonymous namespace)::runSynchronousFunction(rstudio_boost::function<rstudio::core::Error (rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*)> const&, rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio_boost::function<void (rstudio::core::Error const&, rstudio::core::json::JsonRpcResponse*)> const&)()
#51 0x00000000007e46f9 in rstudio::session::rpc::handleRpcRequest(rstudio::core::json::JsonRpcRequest const&, rstudio_boost::shared_ptr<rstudio::session::HttpConnection>, rstudio::session::http_methods::ConnectionType)()
#52 0x00000000007e99bb in rstudio::session::http_methods::handleConnection(rstudio_boost::shared_ptr<rstudio::session::HttpConnection>, rstudio::session::http_methods::ConnectionType)()
#53 0x00000000007ebc8b in rstudio::session::http_methods::waitForMethod(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, rstudio_boost::function<void()> const&, rstudio_boost::function<bool()> const&, rstudio::core::json::JsonRpcRequest*)()
#54 0x0000000000754b13 in rstudio::session::console_input::rConsoleRead(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&, bool, rstudio::r::session::RConsoleInput*)()
#55 0x0000000000e22cba in rstudio::r::session::RReadConsole(char const*, unsigned char*, int, int)()
#56 0x00007fbd0cb9431c in Rf_ReplIteration() from /usr/lib/R/lib/libR.so
---Type <return> to continue, or q <return> to quit---
#57 0x00007fbd0cb94811 in ??() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#58 0x00007fbd0cb948c8 in run_Rmainloop() from /usr/lib/R/lib/libR.so
#59 0x0000000000e4098f in rstudio::r::session::runEmbeddedR(rstudio::core::FilePath const&, rstudio::core::FilePath const&, bool, bool, SA_TYPE, rstudio::r::session::Callbacks const&, rstudio::r::session::InternalCallbacks*)()
#60 0x0000000000e1ef3f in rstudio::r::session::run(rstudio::r::session::ROptions const&, rstudio::r::session::RCallbacks const&)()
#61 0x0000000000718a83 in main()
rstudio-診断：ここ
[1] "1.1.383"
$R
[1] "/usr/bin/R"
$pdflatex
[1] "/usr/bin/pdflatex"
$bibtex
[1] "/usr/bin/bibtex"
$gcc
[1] "/usr/bin/gcc"
$git
[1] "/usr/bin/git"
$svn
[1] ""
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.3 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 tools_3.4.2 yaml_2.1.14
SysInfo:
sysname release
"Linux" "4.4.0-97-generic"
version nodename
"#120-Ubuntu SMP Tue Sep 19 17:28:18 UTC 2017" "reilly-Precision-7510"
machine login
"x86_64" "unknown"
user effective_user
"reilly" "reilly"
R Version:
_
platform x86_64-pc-linux-gnu
arch x86_64
os linux-gnu
system x86_64, linux-gnu
status
major 3
minor 4.2
year 2017
month 09
day 28
svn rev 73368
language R
version.string R version 3.4.2 (2017-09-28)
nickname Short Summer
$CLICOLOR_FORCE
[1] "1"
$CLUTTER_IM_MODULE
[1] "xim"
$COMPIZ_BIN_PATH
[1] "/usr/bin/"
$COMPIZ_CONFIG_PROFILE
[1] "ubuntu"
$DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS
[1] "unix:abstract=/tmp/dbus-O9bssVywYW"
$DEFAULTS_PATH
[1] "/usr/share/gconf/ubuntu.default.path"
$DERBY_HOME
[1] "/usr/lib/jvm/java-8-oracle/db"
$DESKTOP_SESSION
[1] "ubuntu"
$DISPLAY
[1] ":0"
$EDITOR
[1] "vi"
$GDM_LANG
[1] "en_US"
$GDMSESSION
[1] "ubuntu"
$GIO_LAUNCHED_DESKTOP_FILE
[1] "/usr/share/applications/rstudio.desktop"
$GIO_LAUNCHED_DESKTOP_FILE_PID
[1] "4600"
$GIT_ASKPASS
[1] "rpostback-askpass"
$GNOME_DESKTOP_SESSION_ID
[1] "this-is-deprecated"
$GNOME_KEYRING_CONTROL
[1] ""
$GNOME_KEYRING_PID
[1] ""
$GPG_AGENT_INFO
[1] "/home/reilly/.gnupg/S.gpg-agent:0:1"
$GTK2_MODULES
[1] "overlay-scrollbar"
$GTK_IM_MODULE
[1] "ibus"
$GTK_MODULES
[1] "gail:atk-bridge:unity-gtk-module"
$HOME
[1] "/home/reilly"
$IM_CONFIG_PHASE
[1] "1"
$INSTANCE
[1] ""
$J2REDIR
[1] "/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre"
$J2SDKDIR
[1] "/usr/lib/jvm/java-8-oracle"
$JAVA_HOME
[1] "/usr/lib/jvm/java-8-oracle"
$JOB
[1] "unity-settings-daemon"
$LANG
[1] "en_US.UTF-8"
$LANGUAGE
[1] "en_US"
$LD_LIBRARY_PATH
[1] "/usr/lib/R/lib:/home/bmreilly/software/ncbi/lib64:/home/reilly/software/ncbi/lib64::::/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server:/home/bmreilly/software/ncbi/lib64:/home/reilly/software/ncbi/lib64:"
$LN_S
[1] "ln -s"
$LOGNAME
[1] "reilly"
$MAKE
[1] "make"
$MANDATORY_PATH
[1] "/usr/share/gconf/ubuntu.mandatory.path"
$NGS_LIBDIR
[1] "/home/bmreilly/software/ncbi/lib64"
$PAGER
[1] "/usr/bin/pager"
$PATH
[1] "/home/reilly/software/ncbi/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/db/bin:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin"
$PWD
[1] "/home/reilly"
$QT4_IM_MODULE
[1] "xim"
$QT_ACCESSIBILITY
[1] "1"
$QT_IM_MODULE
[1] "ibus"
$QT_LINUX_ACCESSIBILITY_ALWAYS_ON
[1] "1"
$QT_QPA_PLATFORMTHEME
[1] "appmenu-qt5"
$R_BROWSER
[1] "xdg-open"
$R_BZIPCMD
[1] "/bin/bzip2"
$R_DOC_DIR
[1] "/usr/share/R/doc"
$R_GZIPCMD
[1] "/bin/gzip -n"
$R_HOME
[1] "/usr/lib/R"
$R_INCLUDE_DIR
[1] "/usr/share/R/include"
$R_LIBS_SITE
[1] "/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library"
$R_LIBS_USER
[1] "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4"
$RMARKDOWN_MATHJAX_PATH
[1] "/usr/lib/rstudio/resources/mathjax-26"
$R_PAPERSIZE
[1] "letter"
$R_PAPERSIZE_USER
[1] "letter"
$R_PDFVIEWER
[1] "/usr/bin/xdg-open"
$R_PLATFORM
[1] "x86_64-pc-linux-gnu"
$R_PRINTCMD
[1] "/usr/bin/lpr"
$R_RD4PDF
[1] "times,inconsolata,hyper"
$R_SESSION_TMPDIR
[1] "/tmp/RtmpYB9etw"
$R_SHARE_DIR
[1] "/usr/share/R/share"
$RS_LOCAL_PEER
[1] "/tmp/18469-rsession"
$RS_PPM_FD_READ
[1] "21"
$RS_PPM_FD_WRITE
[1] "22"
$RS_RPOSTBACK_PATH
[1] "/usr/lib/rstudio/bin/rpostback"
$RS_SHARED_SECRET
[1] "16816927778469308861804289383"
$RSTUDIO
[1] "1"
$RSTUDIO_CONSOLE_COLOR
[1] "256"
$RSTUDIO_CONSOLE_WIDTH
[1] "109"
$RSTUDIO_PANDOC
[1] "/usr/lib/rstudio/bin/pandoc"
$RSTUDIO_SESSION_PORT
[1] "18469"
$RSTUDIO_USER_IDENTITY
[1] "reilly"
$RSTUDIO_WINUTILS
[1] "bin/winutils"
$R_SYSTEM_ABI
[1] "linux,gcc,gxx,gfortran,?"
$R_TEXI2DVICMD
[1] "/usr/bin/texi2dvi"
$R_UNZIPCMD
[1] "/usr/bin/unzip"
$R_ZIPCMD
[1] "/usr/bin/zip"
$SED
[1] "/bin/sed"
$SESSION
[1] "ubuntu"
$SESSIONTYPE
[1] "gnome-session"
$SHELL
[1] "/bin/bash"
$SHLVL
[1] "0"
$SSH_AUTH_SOCK
[1] "/run/user/1000/keyring/ssh"
$TAR
[1] "/bin/tar"
$TERM
[1] "xterm-256color"
$UPSTART_EVENTS
[1] "xsession started"
$UPSTART_INSTANCE
[1] ""
$UPSTART_JOB
[1] "unity7"
$UPSTART_SESSION
[1] "unix:abstract=/com/ubuntu/upstart-session/1000/1585"
$USER
[1] "reilly"
$XAUTHORITY
[1] "/home/reilly/.Xauthority"
$XDG_CONFIG_DIRS
[1] "/etc/xdg/xdg-ubuntu:/usr/share/upstart/xdg:/etc/xdg"
$XDG_CURRENT_DESKTOP
[1] "Unity"
$XDG_DATA_DIRS
[1] "/usr/share/ubuntu:/usr/share/gnome:/usr/local/share/:/usr/share/:/var/lib/snapd/desktop"
$XDG_GREETER_DATA_DIR
[1] "/var/lib/lightdm-data/reilly"
$XDG_MENU_PREFIX
[1] "gnome-"
$XDG_RUNTIME_DIR
[1] "/run/user/1000"
$XDG_SEAT
[1] "seat0"
$XDG_SEAT_PATH
[1] "/org/freedesktop/DisplayManager/Seat0"
$XDG_SESSION_DESKTOP
[1] "ubuntu"
$XDG_SESSION_ID
[1] "c2"
$XDG_SESSION_PATH
[1] "/org/freedesktop/DisplayManager/Session0"
$XDG_SESSION_TYPE
[1] "x11"
$XDG_VTNR
[1] "7"
$XMODIFIERS
[1] "@im=ibus"
[1] ".GlobalEnv" "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics" "package:grDevices"
[6] "package:utils" "package:datasets" "package:methods" "Autoloads" "package:base"
Log file: rdesktop.log
--------------------------------------------------
(Empty)
Log file: rsession-reilly.log
--------------------------------------------------
13 Oct 2017 21:15:06 [rsession-reilly] WARNING Process supervisor did not terminate within 1 second; LOGGED FROM: void {anonymous}::rCleanup(bool) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/session/SessionMain.cpp:1099
は、エラーの原因となっているコードの一部です。
このコードを文書に保存すると、ファイルを開いて編集するときにrsessionがハングします。このコードが存在しない場合、ドキュメントは正常に動作します。何が起こっているのか正確にはわかりません。コードの一部は私が取り組んでいた未完成の機能ですが、何とかRstudioを爆破しています。
iteratively_impute_pca_zscore_remove_outliers <- function(matrix, ...) {
repeat {
imputed.mat <- impute_less_than_x_NA(matrix)
pc1_score_
if (length(SamplesToRemove)==0)
}
}
repeat {
} (length(samplesToRemove)==0){
}
バックトレースからは、RStudio診断エンジンがファイル内の何かに詰まっているように見えます。編集しようとしている文書を共有して保存することができますか？それとも、どのような種類のR文書でも発生しますか？ –
あなたは正しいです！いくつかの特定の文書で問題が発生しているようです。 Rstudioで文書を開いているときに、Rがクラッシュしたり、文書がサーバーに接続されたりするとクラッシュする可能性があります。これらのドキュメントを編集しようとするたびにクラッシュします。かなり巨大なknitrドキュメントなので、ドキュメントを共有することはできません。これらの破損したファイルの情報をどのように回復するかについてのアイデアはありますか？つまり、簡単なコピー/貼り付けから新しい文書作業へ – Reilstein
あなたは別のエディタ（RStudio以外のもの）でそれらを開こうとしているかもしれません。 a [GitHub Gist]（https://gist.github.com/）を開き、リンクを共有します。 [RStudioの状態をリセットする]（https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200534577-Resetting-RStudio-Desktop-s-State）も試してみる価値があります。 –